截至2026年8月10日，南京地铁已形成覆盖主城、江北及都市圈城际方向的多层次轨道交通网络。当前已正式开通运营线路包括13条主线+市域城际S线，主城普速地铁与市域城际线共同构成运营骨架；6号线也进入2026年内通车倒计时阶段。
一、已正式开通运营线路（13条主线+市域城际线）
主城普速地铁线路
- 1号线（天蓝色）：起止八卦洲大桥南 ↔ 中国药科大学；核心枢纽：南京站、新街口、南京南站、安德门；换乘2号线、3号线、4号线、5号线、7号线、9号线、S1号线、S3号线。
- 2号线（枣红色）：起止经天路 ↔ 鱼嘴；核心商圈：新街口、大行宫、河西元通、马群；换乘1号线、3号线、10号线、S6号线。
- 3号线（绿色）：起止林场 ↔ 秣周东路；途经：南京站、夫子庙、大行宫、南京南站；换乘1号线、2号线，南京南站可多线换乘。
- 4号线（紫色）：起止龙江 ↔ 仙林湖；途经：鼓楼、鸡鸣寺、紫金山北麓。
- 5号线（黄色，北段通车）：起止方家营 ↔ 文靖路；贯穿城北—城南，三山街换乘1号线。
- 7号线（墨绿色，全线贯通）：起止仙新路 ↔ 西善桥；串联幕府山、南湖、河西，晓庄站换乘1号线。
- 9号线一期（橙色）：起止曹后村 ↔ 江心洲，南京站可换乘1号线、3号线。
- 10号线（香槟色）：起止安德门 ↔ 雨山路（江浦），元通换乘2号线。
市域城际S线（跨区/跨市）
- S1号线（青绿色，机场线）：南京南站 ↔ 禄口国际机场，空港新城江宁可换乘S7号线。
- S3宁和城际：南京南站 ↔ 高家冲（板桥、桥林）。
- S6宁句城际：马群 ↔ 句容（跨省市域线）。
- S7宁溧城际：空港新城江宁 ↔ 无想山（溧水城区）。
- S8宁天城际：泰山新村 ↔ 金牛湖（江北六合）。
- S9高淳线：翔宇路南 ↔ 高淳。
二、重点换乘枢纽站点
- 新街口：1号线+2号线（南京核心换乘枢纽）。
- 南京南站：1号线、3号线、S1号线、S3号线四线换乘，高铁枢纽。
- 大行宫：2号线+3号线。
- 元通：2号线+10号线（河西核心换乘）。
- 马群：2号线+S6号线（去往句容起点）。
- 空港新城江宁：S1号线+S7号线（去往溧水换乘）。
三、在建待开通线路（2026年内计划通车）
- 6号线：栖霞山—南京南站，南北快速干线，衔接1号线、2号线、4号线、5号线、7号线，预计2026年9月具备通车条件。
- 8号线一期、S2宁马城际（南京—马鞍山）、4号线二期、11号线江北线：仍在建设中，暂未纳入运营图。