祖父母起诉确认孙子非亲生，法院驳回的核心原因在于：根据《民法典》第1073条，只有孩子的父或母才具备提起亲子关系异议之诉的主体资格，祖父母不是法定适格原告。
一、法律依据：诉权主体严格限定
《民法典》第1073条明确主体：对亲子关系有异议且有正当理由的，只有“父或者母”才能向法院提起诉讼，请求确认或否认亲子关系。祖父母、外祖父母等近亲属不在法定范围之内。
父亲去世后的权利灭失：无论提起亲子关系诉讼还是追讨抚养费、精神损害抚慰金，都是父亲作为权利主体享有的资格。当父亲已经死亡，相应权利原则上随之消失，祖父母不能代替行使。
司法实践统一口径：法院在审理涉及亲子关系问题时，遵循未成年人利益最大化原则，依法限定提起亲子关系鉴定的主体资格，对父母以外的其他人提出的亲子鉴定请求不予支持。
二、程序障碍：私下鉴定不具备法定效力
采样程序存在严重瑕疵：祖父母在未取得孩子监护人（母亲）同意的情况下，私下剪取孩子头发、指甲送检，鉴定机构受理时监护人未到场确认，未履行身份核验程序，违反《司法鉴定程序通则》相关要求。
法院不予采信的核心原因：即便公安机关保存的血液样本鉴定结果指向孩子非亲生，但因程序合法性不足，鉴定报告不能作为定案依据。
未成年人鉴定特殊性：法律不能强制未成年人提取生物样本，且“拒不配合鉴定推定非亲生”规则只适用于父母起诉的案件，祖父母不满足适用条件。
三、司法原则：未成年人利益最大化优先
保护身份关系稳定性：孩子出生于婚姻关系存续期间，出生医学证明、户籍登记均记载父亲为其生父，法律上已形成合法有效的父子关系，父亲生前也从未否认。
维护未成年人身心健康：法院裁判首要考量是避免贸然揭穿身世摧毁孩子的身份认知，造成不可逆的心理伤害。
现行制度中的两难：法律追求的是尊重当事人自主决定、维护家庭关系稳定，并非将查明血缘真相放在第一位。本案中，祖父母希望查明真相却因不具备诉权无法启动程序，案件陷入僵局，目前再审申请已立案。