一、核心原因：微生物污染与病害风险
病菌感染：暴雨积水环境中含有大量细菌、真菌和病毒，这些病原体会通过柚子表面的微小伤口、气孔以及果蒂与果实的连接处侵入果肉内部。在高温高湿的环境下，病菌会迅速繁殖，导致柚子发生软腐病、疫霉褐腐病、炭疽病等病害，果实内部变质腐烂。
肉眼难辨：初期受到病菌侵染的柚子，外观可能仅表现为局部变色或轻微软斑，但内部果肉可能已经开始腐败或产生毒素。消费者很难通过肉眼判断一个柚子是否已经受到污染，存在极大的食品安全隐患。
二、关键机制：果皮损伤与雨水渗透
果皮并非完全密封：柚子的果皮虽然厚实，但其表面布满了肉眼不可见的微小气孔和呼吸通道。长时间浸泡在水中时，水分和杂质可以通过这些通道向内渗透。如果强降雨过程中伴随大风，剧烈摇晃造成果实之间或与树枝摩擦产生微小伤口，雨水便会通过这些伤口直接进入果实内部。
果蒂部位是薄弱环节：果蒂连接果树的部位是果实最脆弱的区域之一，在水淹条件下，这个部位极易成为水分和病菌进入果实的通道，加速果实的腐烂进程。
三、品质变化与食用安全隐患
风味与口感劣变：泡过水的柚子，其果肉细胞结构受到破坏，会发生"水渍化"现象，导致果肉质地变软、口感变差，甚至产生异味。同时，高湿环境会促使果实内源酶活性改变，导致果肉酸败或产生苦涩味，丧失商品价值。
无法通过常规处理恢复：一旦柚子遭受过长时间水淹或污水浸泡，表面的污染物无法通过简单的清水冲洗去除，而内部的微生物污染更是无法通过清洗或擦拭消除。即使经过晾晒，已经变质的果肉也无法恢复新鲜品质，因此这类柚子无论从食品安全角度还是商品价值角度，都已不具备上市销售的条件。