一、法庭管辖权的严格限定
审判对象锁定最高决策者：远东国际军事法庭依据《远东国际军事法庭宪章》，其管辖权限定于“犯有破坏和平罪、战争罪及反人道罪的甲级战犯”，即仅起诉对策划、发动和实施侵略战争负有领导责任的最高级军政官员。
乙丙级战犯另案处理：具体实施大规模虐待、屠杀战俘和平民等罪行的乙级、丙级战犯，则交由中、美、英、苏等国分别设立的军事法庭自行审判，并不在东京审判的起诉范围内。
二、美苏冷战格局下的政治妥协
美国主导下的检控范围收缩：东京审判实际由美国主导。随着1947年后冷战格局迅速形成，美国出于利用日本作为远东反苏前哨的战略考虑，有意控制了战犯起诉的规模，不愿将日本军政界“一网打尽”，以保留统治工具。
天皇免责与重要人物脱罪：为维护日本国内稳定及占领政策，美国决定不对负有战争统帅责任的裕仁天皇进行审判，这一决定直接影响了对其他高级官员的追诉范围。同时，关东军作战主任参谋石原莞尔、731部队头目石井四郎等大批罪责深重者，因政治交易或证据交换而逃脱起诉与惩罚。
三、检察资源配置与举证能力限制
人力与物力严重不均：从组织资源看，美国团队拥有上百名律师、调查员和翻译，规模与整个日本辩护团相当；而中国检察组仅17人，印度、菲律宾队伍更少，直接限制了证据搜集的广度和深度。
12名最终落定人选：在资源与政治博弈的双重限制下，最终被起诉的28人名单并非对全部战犯的罗列，而是法庭基于有限时间与举证能力，能够确保定罪的最核心人选。最终，除2人病死、1人精神失常被撤诉外，25名被告均被判有罪。