一、战败撤退时的毁尸灭迹与“收集人骨”任务
清水英男在NHK专题片《被隐藏的部队：沉默的战后》中回忆，1945年日本战败前夕，731部队有组织地大规模销毁罪证。他本人被下达了一项特殊“任务”——负责收集遇害者的人骨并集中烧毁。这些遗骨来自此前被用于人体实验的无辜受害者，部队试图通过焚毁遗骨来掩盖活体解剖和细菌战实验的痕迹。同时，部队设施被炸毁，所有能证明罪行的文件资料被焚烧殆尽，部队长石井四郎还下达了严格的封口令，严禁任何队员对外提及部队的名称、驻地及工作内容。
二、少年兵自身沦为“实验材料”的残酷真相
清水英男更令人震惊的揭露是，731部队的残暴不仅针对外部受害者，连自己人也不放过。他回忆，上级曾给他与另外两名少年兵每人一块点心面包，三人吃下后才意识到，自己已被当作实验对象，被动参与了病菌人体实验。这种在不知情的情况下被内部“试药”，暴露了731部队在研发细菌武器时，将人性完全践踏在脚下，不仅用战俘和普通平民做“马路大”（实验材料），就连本部队的年轻队员也成为实验的牺牲品。
三、“标本陈列室”的视觉罪证与内部保密制度
清水英男还描述了731部队内部令人发指的标本陈列室：空气中弥漫着刺鼻的浓烈气味，室内摆放的全是侵华日军用无辜平民、战俘做活体实验后留下的人体标本，每一件都对应一条被残害的生命。与此同时，他证实了731部队内部极端的“秘密主义”——队员之间严禁交流工作内容，不同班组的人员互相不知晓彼此的具体任务，真正了解部队全貌的只有石井四郎等极少数核心高层。这种严密的保密制度，是该部队罪行能在战后长期被掩盖的重要原因之一。