《蜘蛛侠：崭新之日》的故事紧接《英雄无归》结尾，彼得·帕克在全世界遗忘他的四年后，因长期孤独引发蜘蛛基因失控，并在与失控变种人琴·葛蕾的对抗中完成自我救赎，实现从“蜘蛛小子”到真正蜘蛛侠的蜕变。
一、剧情起点：被遗忘的四年与失控的基因
遗世独立的彼得：故事设定在《英雄无归》结尾“遗忘咒语”生效四年后，彼得独居破旧公寓，白天打零工、夜晚以蜘蛛侠身份巡逻。全世界无人记得他，MJ和内德已拥有全新生活，彼得只能偶尔偷看他们的社交动态聊以慰藉。
基因突变与失控危机：长期孤独与精神创伤触发蜘蛛基因发生异变。彼得开始频繁出现感官过载，身体自行分泌有机蛛丝且完全不受控制，经常在熟睡中被蛛网缠在天花板上。他升级抑制器勉强压制，但一旦抑制器被打落，便会立即失控一分钟，状态犹如野兽。
二、核心冲突：与琴·葛蕾的相遇
镜像般的新角色：X战警成员琴·葛蕾（萨迪·辛克饰）成为本片关键人物。她同样因强大的心灵控制能力而承受巨大痛苦，与彼得的处境形成镜像——两人都是被能力所困的“怪物”。琴为了寻找失踪的姐姐，采取极端手段制造城市危机。
从对抗到互相救赎：琴以MJ的安全威胁彼得，迫使两人陷入对抗。但在较量中，彼得发现琴的悲剧根源在于社会关系被剥夺——这与他的处境惊人相似。两人最终放下对立，在精神层面的相互理解中完成自我救赎。
三、主题升华：孤独中的成长与新生
从“蜘蛛小子”到“蜘蛛侠”：本片彻底剥离了彼得对钢铁侠等外部资源的依赖。在无队友、无亲友、无数援的绝境中，彼得只能凭借自己的力量完成战斗，真正理解了“能力越大，责任越大”的深意。他终于学会了与蜘蛛基因共存而非对抗，完成了身份的统一。
情感线的克制处理：影片没有落入“爱情战胜一切”的俗套。MJ虽然一度因琴的操控假装恢复记忆并亲吻彼得，但最终明确表示“我不记得你，也不爱你”，拒绝重归于好。彼得选择接受现实，转而去找回好友内德，重新建立新的社会联系。
纽约街头的温情收尾：结尾应是蜘蛛侠从医院走出时，发现无数纽约市民正在为他祈祷守候。他穿过人群，看到的是普通人与英雄之间的情感共鸣。片尾固定机位的纽约城市风光镜头，配合略带伤感的片尾曲，为“崭新之日”画上了温暖句点。