一、漫威宇宙联动彩蛋：老友重逢与未来伏笔
浩克记得蜘蛛侠：尽管全世界无人记得彼得·帕克，但狂暴化的浩克在听到彼得说“我是你的朋友”后，竟出现了反应。这一设定暗示浩克人格保留了MCU第四阶段的记忆，也被观众视为全片最催泪的彩蛋之一。
惩罚者正式同框：乔·伯恩瑟饰演的惩罚者以盟友身份登场，他与蜘蛛侠通过台词交代了过往交手经历。片尾惩罚者戴上蜘蛛侠头套掩护彼得走出医院的桥段，被赞为“幽默又温情的神来之笔”。
伊雷娜（黑寡妇二代）客串：弗洛伦丝·皮尤饰演的伊雷娜以全新战衣亮相，在片中试图用言语劝说琴·葛蕾，但部分观众认为其出场稍显突兀。
二、隐藏彩蛋与致敬：漫画元素与系列回溯
蜘蛛侠本体蛛丝觉醒：影片中彼得·帕克因长期孤独和基因变异，不再依赖机械发射器，开始从手腕直接喷射有机蛛丝。这一设定直接致敬了托比·马奎尔版《蜘蛛侠》的经典设计。
MJ的独立与“我不认识你”：MJ读完彼得日记后，冷静说出“我不认识你，我不爱你”，拒绝强行恢复记忆。这一处理被许多观众视为对女性角色的最大尊重，也是对前两代蜘蛛侠感情线的一种“反套路”致敬。
梅姨墓志铭与精神传承：梅姨的墓碑上刻着“拯救一个人，就是拯救所有人”，这句话不仅是全片的精神支点，也让观众联想到初代蜘蛛侠中本叔的“能力越大，责任越大”。
三、片尾彩蛋与未来铺垫：X战警入场与多元宇宙
琴·葛蕾（凤凰女）正式加入MCU：由萨迪·辛克饰演的琴·葛蕾是本片的核心新角色，她与蜘蛛侠形成“镜像关系”——两人都因失去至亲而孤独挣扎。片尾彩蛋显示她已落入灾控局监控，为后续《复仇者联盟5》做铺垫。
片尾唯一彩蛋：通往新世界的传送门：全片仅有一个短彩蛋，出现在所有字幕结束后。蜘蛛侠被卷入一道神秘传送门，疑似被派往外太空执行任务，直接串联2026年底的《复仇者联盟5》主线。
“V-MAX”计划的悲剧真相：片中被官方美化为“维克托最大化协议”的V-MAX，实际上是一项违背人道的超能力抑制武器计划。琴·葛蕾发现姐姐因该计划死亡后，情绪彻底崩溃，这一反转令许多观众感到“后背发凉”。
