2006年1月，汉芯被人揭露为造假，过程是陈进在美国购买摩托罗拉飞思卡尔56800的芯片后雇佣民工将表面的MOTO等字样全部用砂纸磨掉，再找浦东的一家公司将表面光滑的芯片打上“汉芯一号”字样，并加上汉芯的Logo，以此骗取中国政府一亿一千万元人民币的科研经费（到帐六千多万元），同时揭露此事的人士宣称手中有足够的证据，并向中国政府告发。对此，上海交大汉芯科技有限公司于2006年1月21日郑重声明“汉芯系列DSP芯片属造假”的言论纯属捏造，并宣称保留采取进一步法律措施的权利。但该公司并没有像它所宣称的那样向公众展示反驳造假的研发技术文档。中国政府已经对汉芯造假进行了调查，据《21世纪经济报道》报道，调查组确认“汉芯一至四号”造假属实。
2006年5月12日，上海交通大学证实汉芯造假，撤销陈进上海交大微电子学院院长职务；撤销陈进的教授职务任职资格，解除其教授聘用合同。科技部决定终止其负责执行的科研项目并追缴相关经费和取消以后承担国家科技计划课题的资格；教育部决定撤销陈进“长江学者”称号，取消其享受政府特殊津贴的资格，追缴相应拨款；国家发展改革委员会决定终止陈进负责的高技术产业化项目的执行，追缴相关经费；中国科协科技工作者道德与权益工作委员会撤销陈进第三届“全国优秀科技工作者”称号。不过直至最后都没有相关责任人受到任何法律上的追究。