1942年7月，石井大佐输送了130公斤甲型副伤寒病菌、炭疽病菌和数量不详的霍乱病菌到南京去，制造了各种瘟疫，这让石井大佐和其研究人员喜出望外。他此行将含有炭疽菌的巧克力糖送给当地的儿童，产生了致命的效果。他又在饺子里注射了鼠疫菌，送给释放的3 000名囚犯，让他们回乡散布疾病和死亡。