雅克-41的主发动机是R79V-300涡扇发动机，水平推力模式下最大加力推力15.5吨，垂直起降模式下最大推力14吨。一开始“联盟”航空发动机科学技术联合体打算为R79V-300发动机研制一种二维矢量喷管，但事实证明该喷管的研制难度过大，不得不放弃。

新的三轴承旋转矢量喷管将加力燃烧室分成三段，互相之间通过轴承接头连接，接头与发动机轴线呈一定角度。通过安装在轴承接头上的液压马达和与万向节连接的减速齿轮箱，使内段、中段和后段管道同时反向旋转，尾喷管能偏转到95°的最大偏转角度。喷管位置可由飞行员手动选择或由飞控自动选择，在短距滑跑起飞中尾喷管向下偏转62°。

这是世界范围内出现的第一种实用化的三轴承旋转喷管，研制难度非常高，如何保证轴承接头之间巨大滚柱轴承密封性对防止热废气渗漏至关重要。

虽然随着苏联的解体，雅克-41项目在1991年无疾而终，但这种获得专利的尾喷管被证明十分超前。多年以后罗尔斯·罗伊斯公司在为洛克希德·马丁公司F-35B战斗机研制的升力/巡航发动机尾喷管上也采用了相同的设计，据说利用了当年洛克希德与雅克合作时获得的尾喷管资料。