柴胡桂枝干姜汤的应用指征：
1、本方属于治疗柴胡体质的寒热错杂剂。这里的“热”是指肝胆郁热，“寒”是指脾脏的虚寒。所以临床既可见口苦、口干、口中粘腻或口臭等热象，又可见肠鸣或便秘或便溏或腹胀等太阴脾虚的寒象。便溏，见于大便次数增多，食冷物时更甚。便秘需与阳明病的便秘相区别，虽大便多日末排，但腹中无所苦，舌苔末见黄厚或燥干之象。腹胀需与用厚朴的半夏厚朴汤、厚朴生姜半夏甘草人参汤相区别，虽胀却觉饥而不影响进食，胀而有矢气，腹胀并不因矢气而明显缓解。
2、腹诊所见：腹软，心下部有振水音，脐旁或脐下或脐上有悸动。
3、与半夏泻心汤同属于寒热错杂剂。半夏泻心汤以呕，痞为主证，柴胡桂枝干姜汤主证中一般没有呕证。
4、方中有瓜蒌牡蛎散，其方证的界定是“渴不差者”。所以有的患者渴感明显，饮不解渴，甚则喜冷饮，渴饮无度。临床上有时易与石膏证相湿淆。鉴别在于本方之渴，唇舌多不干，口中不呼热气。