《药师如来本愿功德经》最著名的译本为唐代高僧玄奘所译。此经具有密教性质，以说明现世利益与净土往生的思想为特征，其中最重要的是说叫药师佛的十二大愿。这十二大愿分别足：愿我来世得菩提时，自身光明炽然，照耀无量世界，以三十二相、八十种好庄严。令一切有情如我无异：愿身如琉璃，内外清净无垢，光明过日月，幽冥众生悉蒙开晓：愿以智慧方便令诸有情皆得受用无尽令行邪道者，皆安住菩提道中，行二乘之道者，亦皆以大乘之道安立之；于我法中修行梵行者，一切戒不缺减：诸根不具，白癞癫狂。乃至种种病苦者，闻我名皆诸根具足，无诸疾苦；众病逼切、无护无依者，闻我名，众患悉除；若有女人愿舍女形者，闻我名，成丈夫相：令众生皆脱魔网，置于正见，速证无上正等菩提：若为王法所缚，身心受无量灾难煎迫之苦，此等众生若闻我名，以我福力，皆得解脱一切忧苦：为饥渴所恼而造诸恶业者，若闻我名，我先以妙色香味食，饱足其身，后以法味毕竟安乐：贫无衣服者，闻我名，我当施彼随用衣服，乃至庄严之具，皆令满足。

据《药师如来本愿功德经》的记载，药师佛的誓愿不可思议，如果有人身患重病，死亡的衰相现前，亲友眷属能为他皈依药师如来，昼夜尽心供养药师佛。读诵《药师如来本愿功德经》四十九遍，燃四十九盏灯，造如来像七躯，造四十九天的五色彩幡，那么这个人便能得以恢复生命，度过危厄诸难。这就是以药师如来为崇拜对象而形成的“续命法”，从南北朝以来，这种信仰一商十分盛行。