当病毒所感染的宿主种群非常大、宿主种群个体间的免疫水平差异又较大时，病毒可能就会发生各种各样的变异。尤其是在那些免疫力低下的宿主体内，病毒可能在宿主体内的时间也会更长些，病毒基因组上发生变异数也可能会更多些。那些能发生免疫逃逸的病毒变种就可能会流行开来，并成为优势流行变种。流感病毒就是这样往复循环的；动物宿主中流行的许多病毒也是如此，如老鼠携带的汉坦病毒等。