【《自然》子刊:#研究揭示结构变异对人脑基因调控的影响# 美国西奈山伊坎医学院Towfique Raj研究组利用整合全基因组测序和多组数据,揭示了结构变异 (SV)对人脑基因调控的影响。相关论文http://t.cn/A66i6RSm于2022年3月14日发表于国际顶尖学术期刊《自然—神经科学》杂志上。
他们报告了使用来自老年人和阿尔茨海默病患者的 1,760 个短读长全基因组发现的 170,996 个 SV。通过应用数量性状基因座 (SV-xQTL) 分析,他们量化了顺式作用 SV 对死后脑组织中组蛋白修饰、基因表达、剪接和蛋白质丰度的影响。超过 3,200 个 SV 与至少一种分子表型相关。
他们发现 65-99% 的 SV-eQTL 跨队列和大脑区域的可重复性。 SV 与 mRNA 和蛋白质的关联在超过 87% 的 SV 基因对中具有相同的作用方向。中介分析显示约 8% 的 SV-eQTL 由组蛋白乙酰化介导,约 11% 由剪接介导。此外,SV 与进行性核上性麻痹的关联确定了以前已知的和新的 SV。
据介绍,SV是 50 多个碱基对的基因组重排,是遗传多样性的重要来源,并且与许多疾病有关。然而,尚不清楚它们如何调节人类大脑功能和疾病风险。http://t.cn/A66i6RSu
