黄连阿胶汤的灵魂是鸡子黄。
鸡子黄有地球之象，为血肉有情，生生不已，乃奠安中焦之圣品，有甘草之功能，而灵于甘草；其正中有孔，故能上通心气，下达肾气，居中以达两头，有莲子之妙用；其性和平，能使亢者不争，弱者得振；其气焦臭，故上补心；其味甘咸，故下补肾。
鸡蛋黄服用时有两种方法：一是服中药汤前后，另服生鸡蛋黄；二是趁中药汤温度合适时，将生鸡蛋黄搅入药汤中，一起服下。不能趁中药滚烫时，打入鸡蛋黄，否则就成蛋花了，效果不好。鸡蛋黄有滋阴清热安神、交通心肾之功，对于心肾不交的失眠有良效。