三甲复脉汤实际上是源于张仲景的炙甘草汤。由于炙甘草汤主治“心动悸，脉结代”，所以又名为“复脉汤”。复脉汤既能补心血，滋心阴，又能益心气，通心阳，为气血双补，阴阳并调的方剂。
但是，温病以温邪伤阴为主，病至后期，手足厥阴之阴液被温邪所耗伤，风阳妄动，表现为手足心热甚于手足背，口咽干燥，神倦欲寐，或心中震震，舌强神昏，脉虚大或结代等，所以，以复脉汤去参、桂、姜、枣之阳药，加白芍收敛阴气，以复厥阴之阴液为主，就叫做加减复脉汤。
吴鞠通说：“在仲景当日，治伤于寒者之结代，自有取于参、桂、姜、枣，复脉中之阳；今治伤于温者之阳亢阴竭，不得再补其阳也。用古法而不拘用古方，医者之化裁也。”
如果在此基础上，又出现心中憺憺大动，甚则心中痛者，则在加减复脉汤中加牡蛎、鳖甲、龟板三味，就成了三甲复脉汤。本方以大剂甘润滋阴的药物为主，补益厥阴津液，同时，加入三甲有滋阴潜阳的功效，使阴能制阳，水能济火。
临床运用三甲复脉汤，要紧扣厥阴阴虚，风阳内动这一病理特点，其辨证特点以头晕、心悸、肢体抽搐或瘈疭，舌红绛少苔或无苔，脉弦细或结代为主。或头痛耳鸣，神倦而夜寐不安，或昏眩欲仆，步履不稳，或厥，或舌体颤动，语言不利而肢麻，或大便干秘难行等。
治疗范围涉及脑膜炎后遗症、癫痫、小脑病变综合征、帕金森综合征、心脑病、精神分裂症以及各种以眩晕、抽搐为主要临床表现的病证。