1945年8月11日，71岁的藤野严九郎去世。

鲁迅先生笔下的《藤野先生》：
还记得有一回藤野先生将我叫到他的研究室里去，翻出我那讲义上的一个图来，是下臂的血管，指着，向我和蔼的说道：“你看，你将这条血管移了一点位置了。——自然，这样一移，的确比较的好看些，然而解剖图不是美术，实物是那么样的，我们没法改换它。我给你改好了，以后你要全照着黑板上那样的画。”