位於一個遺傳學的十字路口

主成分分析(PCA)可視化了數據中的遺傳變異，並且說明阿富汗各族羣之間，以及他們與“其他世界各地人羣”之間的遺傳相關性:X軸由(歐亞大陸範圍之內的)遺傳祖源之東西向梯度變化曲線明確定義。與此同時，Y軸則衡量(不同)羣體與南亞人之間的遺傳關係。 在阿富汗的各個羣體中間:哈扎拉人和維吾爾人最為向東遺傳飄移，而“帕坦人(實際上就是普什圖人)”最像南亞人。儘管與“帕坦人””相比，塔吉克人與南亞人的區別更大，但是與“伊朗人”相比，他們(塔吉克人和帕坦人)的相對遺傳親近表明，印度次大陸和中亞之間的深層關聯可以追溯到史前時期，從就在如今阿富汗北部出現的印度西北部的“IVC(印度河流域文明)”與“Oxus(BMAC的綠洲)”文明之間的聯繫， 到“印歐-雅利安人”從西北部遷徙而出。

來自遺傳學的最重要發現是，阿富汗各個伊朗語族羣體:“帕坦人(普什圖人)和塔吉克人彼此之間並沒有那麼多的差異。這似乎證實了早期的遺傳學研究結論，即(次大陸西北)普什圖人、帕坦人和塔吉克人(在PCA投影圖上面)聚類在一起。 雖然普什圖人講述鄉村的方言，而塔吉克人則可能會使用“文雅的波斯語(註:波斯文化傳播到中亞，並被塔吉克人接受，這是在伊斯蘭教擴張時期發生的事件，而不是該地區原有的文化類型)”；但是從祖源的角度來看，這兩個羣體都來自亞歷山大大帝在2,000 多年前遇到的同一個起源的古老部落(在後世各自演化而成的)混合羣體。 但是，當普什圖人仍然堅持以村莊為基礎的生活方式，被“易怒焦躁”的部族四分五裂之時；塔吉克人和他們的祖先卻被“更加廣闊的絲綢之路的大潮流”所席捲，他們放棄了他們的土著伊朗方言，轉而使用波斯語，並且在他們遷徙過程中還失去了他們的部落身份。事實上，塔吉克人還與曾經統治阿富汗北部地區的突厥語族羣體進行了更加密切的互動，因此，比起普什圖人，他們與東亞人之間的遺傳親和力要高得多。

阿富汗另外兩個主要族羣烏茲別克人和哈扎拉人的情況更加令人好奇。 儘管烏茲別克人是突厥語族，他們的民族名稱來自一個成吉思汗的後裔“Uzbeg”，但是他們的起源卻是各種突厥語族和伊朗血統(世係)的一種混合。 在整個中亞，烏茲別克人和塔吉克人通曉對方的語言並且(在兩個不同族羣之間)廣泛通婚。而哈扎拉人的出現則是一種更具歷史性的獨特現象。 雖然他們和塔吉克人一樣說達里語，但是哈扎拉人明顯是“東亞人”，他們在阿富汗因此經常受到歧視。 此外，坦白地說，他們是什葉派穆斯林，就像他們西部的伊朗人一樣。 傳統的故事一直在説哈扎拉人是“蒙古士兵”的後裔，他們是在(伊爾汗國在)伊朗政權垮台後逃離伊朗之後的餘部。 今天我們知道這幾乎肯定是真相的來源，因為哈扎拉人通常攜帶成吉思汗的Y 染色體譜系。

哈扎拉人和烏茲別克人，甚至一些帕坦人(普什圖人)和塔吉克人之間的“突厥和蒙古(遺傳學)”聯繫暗示了地理環境在阿富汗歷史中所起到的關鍵性作用。 儘管相關的考古學詳情仍有待解決，但是正如上面所觀察到的那樣，古西伯利亞人似乎在五千年和一萬年前期間的某個時間段與阿富汗本地的史前“伊朗人(扎格羅斯移民)”混合一起。 這些“西伯利亞人”是如何遇到早期“中亞人”的？ 或許天山陰影處肥沃的山丘很可能發揮了作用，成為狩獵採集者和畜牧農民的通道。 在這些“西伯利亞人”出現之後，早期的印歐-伊朗語族羣體似乎也使用同一條“高架公路”從阿爾泰和哈薩克草原向南遷徙。 反過來，歷史時期的突厥語族羣體同樣也沿著這些山脈向南遷徙。

雖然歷史變幻無常，但是地理環境卻是不易改變。