1888年是大清海军的高光时刻：装备精良、军容齐整，实力稳居亚洲第一。
那年12月17日，清政府正式组建北洋水师，以丁汝昌为提督，林泰曾为左翼总兵，刘步蟾为右翼总兵，英国人琅威理则担任副统领，负责操练、演习和教育。北洋水师主要军舰大小共有25艘，辅助军舰50艘，运输船30艘，官兵4000余人，是大清有史以来最强大的舰队，也令日本胆寒。
早在1886年，丁汝昌与琅威理率定远、镇远 、济远、威远、超勇、扬威六舰赴朝鲜釜山、元山一带巡游。8月北洋水师抵达长崎，长崎市民挤满了码头，争看首次来自中国的铁甲巨舰。日本认为北洋舰队的来访是其炫耀武力，向自己施加压力 。
北洋水师造访日本长崎期间，有一些清兵上岸购物时，违反军纪去了当地妓院玩乐并酗酒闹事，与日方警察发生冲突，水兵被拘捕，然而多名情绪激动的清兵前往警署闹事，用军刀将一名日本警察刺成重伤，肇事水兵也受了轻伤。清兵不甘示弱，从军舰上冲出400多人，直扑警察局而去，舰上的巨炮也调转炮口，对准了长崎市区。总教习琅威理甚至主张对日开战：“即日行动，置日本海军于不振之地。”当时日本海军刚刚起步，绝非中国海军的对手，但丁汝昌却没有下令开火，丧失了把日本海军“扼杀在摇篮中”的机会。面对坚船利炮，日本选择了让步，乖乖放人，并道歉赔偿。
之后在15日舰队放假时，数百名舰队水兵上街观光，据日方记载许多水兵手执棍棒刀器，其中包括从日本古董店购买的日本刀。清兵遭到日本警察有预谋地报复袭击，数百名警察将各街道两头堵塞，围住清兵，双方爆发冲突，当场被打死清兵5名，重伤6名，轻伤38名，失踪5名。而日本警察也有1名被打死（一说死了5名），伤了30名。后来双方在英、德公使的调停下达成协议，双方各自对对方死亡和受伤的人员实行赔偿，其中日方共付恤款52500元，中方共付恤款15500元，此外长崎医院的医疗救护费2700元由日方支付。
日本从长崎事件中受到了极大刺激，认为“北洋舰队已成为日本最关注、最警惕的清朝战斗力量” 。
北洋水师改组之前有个“巨文岛事件”，即1885年4月15日到1887年2月27日英国皇家海军攻打朝鲜王朝巨文岛（英国人称之为汉密尔顿港）的事件。 沙俄对朝鲜半岛充满野心，英国怀疑俄罗斯势力南下，将占领元山港，因此派3艘军舰占领巨文岛，牵制俄罗斯。 李鸿章在英俄两国之间展开外交斡旋，英军撤出巨文岛。
其实李鸿章此举背叛了中英实际上的军事联盟。这也是亲英派恭亲王退隐的直接后果。 改组后清政府不信任由琅威理来控制舰队，舰员对他严厉的规定也颇多怨言，加上福州帮多番排挤，琅威理几度打算辞职回国。1890年3月“撤旗事件”李鸿章暗示北洋舰队规定中只有一个提督，没有所谓的“副职”。
6月25日北洋舰队抵达天津后，丁汝昌和琅威理面见李鸿章，谈及撤旗事件时，琅威理对此非常愤慨，当场提出辞职。李鸿章接受了他的辞呈。琅威理返回英国后，宣传他在华受辱的经历，引起轩然大波。英国外交部甚至为此曾考虑撤回在华的所有英籍顾问。
1890年11月4日，英国政府拒绝李鸿章另聘英国人担任海军顾问的请求并撤回部分在华雇员，同时宣布不再接纳中国海军学生。从此之后北洋水师中洋人的数目锐减。
再往后，北洋水师终归是败于清廷的腐败，而日本海军则迅速壮大，双方实力逆转，终于在甲午海战一举击败北洋水师。