在清中叶汉宋之争的大背景下，围绕《古文尚书》的论争不止是两派间二元对立的“汉宋之争”，汉学、宋学内部也有诸多复杂的表现。辩护派的代表人物中，庄存与虽是常州汉学先驱，但他维护《古文尚书》的观念却与多数宋学派学者一致。翁方纲较其他宋学派学者有更多经学论述，其经学宗旨是以义理主导考据。
汉学派内部对《古文尚书》的态度分为两种情况，其一是否定伪经义理，主张废黜伪经；其二是在道学、理学范畴内承认伪经价值，但主张将伪经剔除出经典行列。他们对传统义理不仅没有“敌意”，反而采取调和的方法消融考据、义理间的紧张。其方法是将解经与传道划分为儒学系统下的两大门径，令考据与义理作为各自分支下的原则标准，互不干涉。
从学理层面看，宋儒赖以发明道统心传的伪《古文》‌“虞廷十六字”既被证明是假货，其学说体系按理说自然会瓦解。然而废黜伪《古文》之议不仅搁浅，“虞廷十六字”的道统心传思想仍被奉为圭臬。其原因在于，汉学家“训诂明而义理明”、“道在六经”的治经原则，即使到了考据学极盛的清中叶，亦未能达成共识，“伪经当废”并非逻辑上的必然。
在尊信传统义理的学人看来，经书不单单是三代留存的历史文献，还是承载天地常道、肩负政教使命的“经”书。伪《古文》的义理微言不断被引述阐发，从未因辨伪而淡出经学的视野。从《古文尚书》的案例也可解释，何以到了考据学兴盛的清中叶，理论根基备受动摇的传统义理仍能占据稳固的地位。
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