南苑站始建于1907年，1909年投入使用。原为窄轨铁路，是京苑铁路的尽头站，1941年加宽轨距，变为标准铁轨。 1947年国民政府要求修建南苑机场环场铁路，此站成为中间车站。1949年后曾承担过市郊铁路职能。1958年丰双环线建成，南苑铁路分为南北两段。2000年后随着南中轴线打通，北段陆续拆除

南苑站始建于1907年，1909年投入使用。原为窄轨铁路，是京苑铁路的尽头站，1941年加宽轨距，变为标准铁轨。
1947年国民政府要求修建南苑机场环场铁路，此站成为中间车站。1949年后曾承担过市郊铁路职能。1958年丰双环线建成，南苑铁路分为南北两段。2000年后随着南中轴线打通，北段陆续拆除，南段依旧保留。
2019年10月南苑机场停用，铁路运量减少，目前该站不办理任何客运货运业务，只办理列车接发业务。
南苑站目前留存站房一座，站台两座，均为后期改建翻修过。另有后期建造附属平房建筑多处。