周凤岐原名周清源，字恭先，1879年出生于浙江长兴一户贫农家庭，在家中六兄弟中排行第五，从小头脑聪明，25岁时考上杭州武备学堂，经秋瑾介绍加入光复会。从学堂毕业后周凤岐在浙军服役，辛亥革命胜利后周凤岐一直在部队任参谋长。
1917年周凤岐参与浙军第3师发起的宁波独立闹剧，被击败，流亡日本。1919年新任督军卢永祥上任后，经同乡说情，卢永祥赦免周凤岐，任命其为浙江警备司令部总参议兼省道局局长。
1925年卢永祥被孙传芳击败下野，临走时把浙军第2师交给周凤岐，后该师改称五省联军第3师。之后周凤岐率军帮孙传芳平定了安徽、江苏，孙传芳给了他一个南京卫戍司令的职务，没让他当浙江省一把手，这就让周凤岐心怀不满。
1926年秋北伐军进入江西，周凤岐奉命率第3师进驻九江，周凤岐的老部下、第6旅旅长斯烈的弟弟斯励是黄埔军校三期生，在北伐军总政治部工作，靠着这层关系，周凤岐与北伐军取得了联系，约定到时候将他的部队改编为北伐军第26军。事后他率军撤到浙江富阳，通电全国，宣布接受北伐军改编，将第3师改称第26军并自任军长。第26军辖第1、2两个师，由伍文渊和斯烈分任师长。
1926年底北伐军第1师攻入浙江，孙传芳撤出杭州，其留下断后的一个混成旅被第26军缴械。1927年2月北伐军连克杭州、龙华，与夺取上海工人纠察队会师。进入上海后周凤岐任上海戒严副司令兼浙江省军事厅长，其部队驻扎在吴淞、浏河、闸北等地，军政治部与上海市总工会总部一墙之隔。此时驻扎在上海的除第26军外，还有第1军的两个师。
斯烈曾在广西陆军小学当提督，排资论辈下来白崇禧还是其学生，周凤岐与新桂系关系更为密切。
1927年4月12日前夕上海街头开始传第26军将对工人纠察队动手，纠察队负责人为此去找该军政治部主任赵舒询问，赵舒表示完全没这回事。事变发生后赵舒解散政治部，营救了被斯烈扣押的第一军政治部周主任，亲自护送其脱离险境。
4月12日凌晨第26军偷袭上海市总工会、宝山商务印书馆及宝庆路被服厂，将工人纠察队全部缴械，纠察队负责人大部被杀，其中还有不少是被黄埔军校派来工作的军校生。第二天总工会组织了群众上街抗议，周凤岐命官兵架机枪向群众扫射，当场杀害群众100多人。
四一二事变后蒋介石继续率军北上，在徐州吃了大败仗，退回南京，在新桂系的逼迫下“下野”。周凤岐与新桂系勾结，当上了浙江省主席，把蒋介石的亲信踢出浙江省党部，蒋介石问他要十万元去日本的旅行费被他一口回绝。
淞沪会战失败后周凤岐跑回浙江老家，劝说老乡们和日军合作，他又跑到上海去和日本人谈合作，条件是由他当浙江省伪省长，自行组织伪军，日军暂时不要进驻杭州。日本人没答应。
合作没谈拢，但敌占区各地的报纸上都已刊登了周凤岐要当浙江省伪军总司令的消息。有老朋友上门找到周凤岐，说这种不实消息很危险，劝他去港岛或美国暂避风头，周凤岐觉得有道理。几天后周凤岐回老家温州办事，被事先准备好的四名蒋军杀手伏击，身中十一枪，当场毙命，终年59岁。