1788年越南西山朝阮氏军队攻打后黎朝都城昇龙（河内），后黎朝末代皇帝黎维祁出逃，向清朝求援。乾隆派孙士毅率兵入越，收复昇龙，让黎维祁复位。但是不久之后西山朝发起北伐，击败清军，孙士毅与黎维祁和黎朝皇室、遗臣一道逃回镇南关。乾隆大怒，命福康安提督九省兵马再征安南。但西山朝皇帝阮惠向和珅及福康安行贿，同时自称“阮光平”，让替身大臣代替自己前往北京亲自觐见乾隆帝。这是第一位觐见乾隆的外国君主，令乾隆觉得面子倍增，于是册封其为安南国王。至于黎维祁，乾隆认为他两次失位，后黎朝已经失去上天眷顾，于是让其全家剃发易服，前往北京，编入汉军旗，安置在安定门内国子监附近的“安南营”（后来改名民安胡同）居住。后黎朝其他宗室和遗臣则分别安置到新疆、热河、盛京、吉林等地。

后黎朝曾经在1527年被莫登庸谋篡，后者建立了莫朝。嘉靖帝准备派咸宁伯仇鸾、兵部尚书毛伯温出兵征讨。莫登庸闻讯前往镇南关自缚请罪，献上国内图籍，自请降封号为安南都统使（从二品）。此后莫朝诸帝登基时，都要在镇南关献上代身金人跪像，明朝册封使也不再前往昇龙（河内），而是在镇南关举行册封仪式。

莫登庸篡位后，不少黎朝官员不愿支持莫氏，于1532年在南方寻得黎朝宗室黎宁（黎维宁），立为帝，即“中兴黎朝”。由于大权掌握在权臣郑氏手中，因此又被称为“黎郑时期”。中兴黎朝与莫朝呈南北对立之势，1592年发动“北伐”，占领昇龙，推翻莫朝。

莫朝灭亡后，其宗室远亲莫敬恭在越南北部的高平地区建立了新的莫氏政权，历经莫敬宽、莫敬完、莫敬宇、莫敬光四主，一直延续到1677年被黎郑军队攻灭。由于莫氏曾经在三藩之乱“中与吴三桂政权有染，因此康熙帝对黎郑灭掉高平莫氏并未加以制止。莫氏子孙为躲避后黎朝屠杀，逃入中国，被安置在广西泗城居住。

雍正、乾隆年间，莫氏两次被揭露有私自铸印、准备杀回安南“复国”的密谋（雍正时的莫敬曙案，乾隆时的莫保、莫康武案），遂将莫氏后人从泗城迁往安徽居住，莫保的儿子则被送往新疆迪化。乾隆三十四年，安南黄公缵武装集团以莫氏后人名义向清朝投诚，清廷拒绝了安南的引渡请求，将其眷属一百多人安置到新疆迪化屯田定居。今天乌鲁木齐的“安南工”村就与这几批安南移民有关。在乌鲁木齐地区还曾经多次发现铸有“永寿”“景兴”“永盛”等年号的越南钱币。