明代南京京卫的设置大体经历五个阶段，最终形成 “49卫9所”的格局。其中亲军卫17卫１所，分别为锦衣卫、旗手卫、府军卫、府军左卫、府军右卫、府军后卫、羽林左卫、羽林右卫、羽林前卫、金吾左卫、金吾后卫、金吾前卫、金吾右卫、虎贲左卫、江淮卫、济川卫、孝陵卫、牺牲千户所。南京五军都督府所属32卫１所，其中左军都督府辖留守左卫、镇南卫、水军左卫、骁骑右卫、龙虎卫、英武卫、龙虎左卫、龙江右卫、沈阳左卫、沈阳右卫；右军都督府辖虎贲右卫、留守右卫、水军右卫、武德卫、广武卫；中军都督府辖留守中卫、神策卫、广洋卫、应天卫、和阳卫、牧马千户所；前军都督府辖留守前卫、龙江左卫、龙骧卫、飞熊卫、天策卫、豹韬卫、豹韬左卫；后军都督府辖留守后卫、横海卫、鹰扬卫、兴武卫、江阴卫。