郭梅峰治病用药独树一帜，主导思想是“顾本”，他认为人以元气为本，病邪为标，因而极不主张浪伐本元，绝不滥用辛散以伤阴，苦寒伤心脾，而强调“调以甘药”。他把自己的治病大纲归纳为“养阴津（温热病），益心脾（内儿科），补冲任（妇产科）”九字大法门，形成自己独特的一套。用药多以轻剂著称。

郭梅峰还喜用花类治病。他以为：“盖花者华也，乃本草之精华，诸花皆散，花可散邪，故外感用之，风寒暑湿燥火都可以用花。”在《本草纲目拾遗》中新设花类，而成为岭南医家的特点。郭梅峰更是用花如神：受风用南豆花，受寒用茉莉花，解暑用莲花，去温用木棉花，去燥用杭菊花，去火用鸡蛋花，意在保存津气，又得芳香透解。