董军曾任海军司令部军训部部长、北海舰队副参谋长、东海舰队副司令员等，2014年12月任海军副参谋长；2017年1月任南部战区副司令员。

2021年4月，《人民海军报》披露，董军已调任海军副司令员。8月，董军升任海军司令员。

2021年9月6日，中央军委时隔两个月再举行晋升上将军衔仪式，海军司令员董军等5名军官晋升上将。