公元815年（日本弘仁六年），日本平安时代初期，嵯峨天皇模仿唐朝《氏族志》编写《新撰姓氏录》，记录了当时日本上层社会即京都和五畿内的一千余个氏族，其根据“皇别”、“神别”、“诸蕃”等出身来分类明确为祖先、分流等情况。

所谓“诸蕃”姓氏，是指渡来人的氏族，主要有秦、东汉、大藏、高丽等326氏，根据其民族来源被分为五种，汉163氏，百济104氏，高句丽41氏，新罗9氏，任那9氏。

秦氏为渡来人的代表氏族，其自称为秦始皇的后代，乃秦始皇三世孙孝武王之后裔。据《日本书纪》记载，秦氏之先祖弓月君（融通王）于应神天皇十四年自朝鲜半岛的百济率领乐浪郡二十七县百姓归化日本。

但《新撰姓氏录》又记载，秦氏乃五胡十六国时期前秦天王符坚的王室或贵族因战乱而经朝鲜半岛至日本避乱。还有一种说法认为秦始皇四世孙功满王在仲哀天皇时来到日本，其家族后来占据了山背国的葛野郡、山口郡和纪伊郡，人口有近两万人，雄略天皇时任用秦酒公（太秦公）管理秦人九十二部，负责为朝廷养蚕制丝与织布，兼管农业、财政与土木工程。

公元7世纪初，秦河胜为圣德太子宠臣，其依靠家族的庞大财力和建筑技术，参与营建了平安京、伊势神宫等工程，并且在秦氏族人聚居地建造了广隆寺，这是日本现存最古老的佛教寺院。

平安时代初的桓武天皇时，秦氏势力很大，其部众聚居在京都附近的鸭川一带。战国时代，九州大名岛津氏、四国大名长宗我部氏与香宗我部氏都自称其先祖出自秦氏。16世纪中叶，秦氏家主秦幸清在进攻武田家时兵败战死，他的儿子们据传也在几十年后德川家灭丰臣家的大阪之战中战死，秦姓几为断绝，但其支庶家族一直繁衍至今。

如今在日本，羽田、波多、宫田、松尾、三林、长冈、山村、秦公、国背、物集、大里、伊美吉、川胜、神保等姓的人多为秦氏后裔，日本前首相羽田孜曾公开说自己是秦人之后。在秦氏的神社如伏见稲荷大社（公元711年秦伊吕具所建）、木嶋坐天照御魂神社、大避神社、大酒神社、松尾大社，多祭祀秦始皇、孝武王、功满王。