曼齐克特战役后，拜占庭帝国的黄金时代就一去不复返了，作为帝国基本盘的安纳托利亚逐渐被突厥人蚕食殆尽，但安纳托利亚的失守原因很多，曼齐克特战役的战败只是一个诱发因素，此战对拜占庭实际造成的直接军事损失还不算太致命，不存在所谓的精锐部队被一战全灭，后续局势糜烂主要还是拜占庭人自己内斗的结果。
曼齐克特战役时，拜占庭投入战场的有效兵力在4万-5万人左右。
Tarchaneiotes麾下的2万人根本没有与突厥人交战，直接撤回君士坦丁堡
Roussel de Bailliou麾下的500诺曼人也是直接润了。
1000名突厥雇佣兵在最后决战前就叛变了。
Andronicus Ducas麾下的5000预备队在战局崩溃前也提前转进了。
Nicephorus Bryennius麾下的5000名左翼士兵在溃败后设法逃离了战斗。伤亡大概在千人上下。
罗曼努斯皇帝的禁卫军损失较大，500名瓦兰吉卫队大多被歼灭。
战线中央三千突厥雇佣兵全军覆没
右翼主要由亚美尼亚军队组成，他们在整个战役中都受到了重创，而且是最先被击溃的，他们应当承受了大部分伤亡，只有少数人逃离。
从Michael Attaleiates那里得知，右翼和预备队的幸存者向营地发出了罗曼努斯战败的警告，营地立即被抛弃。由于战斗是在傍晚进行的，突厥人到达营地时已是黄昏，幸存者得以在黑暗的掩护下逃到附近安全的曼齐克特。
在曼齐克特战役中拜占庭可能只损失了大约8000名士兵，再算上永久性损失的亚美尼亚和突厥溃军，总损失大概1万人以内，拜占庭至少还有3万名士兵在战役中幸存下来。
战前拜占庭帝国军队约10万人以上（也有更高的估算），其中5万人是各地堡垒的驻军，曼齐克特战役损失了野战兵力的20%，总兵力的10%。打击不可谓不沉重，但相较于同时代的其他势力，这样的打击最多让其在战略中处于守势，而不至于防线全面崩盘
如果拜占庭这么一个中世纪强国在损失1万人之后就陷入崩溃，那要么就是这个国家的军事力量大量注水，要么就不是军事因素引起的。
在君士坦丁堡，杜卡斯派利用罗曼努斯战败的消息发动了政变，得知自己被废黜的消息后，罗曼努斯集结军队向君士坦丁堡进军。
同年9月底或 10月，罗曼努斯在阿马西亚城外，被君士坦丁.杜卡斯指挥的军队击败，这场战败迫使罗曼努斯撤回卡帕多西亚，他在那里过冬并重新集结部队。 但第二年春天，他与安德罗尼克斯.杜卡斯的部队交战，又被击败。
此时的罗曼努斯意识到自己的处境毫无希望，于是最终同意投降。我甚至怀疑罗曼努斯这两战对拜占庭军力的损耗，可能比曼齐克特还要严重。
然而政变上台的新皇帝米海尔七世并不被人信任，自然也收获不到各地军区将军们的忠诚，加之帝国政府没能有效应对突厥人对安纳托利亚的袭击，这促使安纳托利亚的权贵们背弃中央政府，自发组织军队进行防御。
在安纳托利亚东北部，西奥多·加夫拉斯占领了狄奥多西波利斯特拉布宗一带；而在东南部，亚美尼亚将军菲拉雷托斯·布拉查米奥斯占领了拜占庭的西里西亚，东起埃德萨，西至安条克。
尽管安纳托利亚局势混乱，但塞尔柱信守承诺，并没有继续大举进攻拜占庭，袭击者是一群不受控制的突厥部落，他们绕过抵抗激烈的地区，向西越走越远。最远向西深入到阿莫里姆，基本没有遭到拜占庭军队的有效阻击。
鉴于东部领土已经叛乱，米海尔皇帝在这种情况下选择大量使突厥和诺曼人充当雇佣军。突厥人数量充足，作战能力强，是非常理想的雇佣军，导致君堡和安纳托利亚叛军都大量使用突厥佣兵。这也让大量的突厥部落得以进入帝国领土，并开始定居，逐步发展的尾大不掉。
拜占庭内战持续了十年，彻底耗尽了在安纳托利亚的资源。突厥人在面临权力真空时，从最初的劫掠者，变成了雇佣兵，最后又成为定居者。他们成功地利用了拜占庭的内斗，根据自己的利益支持各种篡位者，并获得了巨大的利益。
哪怕是阿莱克修斯上台后，他也只对小亚的突厥人进行有限度的打击，随后与突厥人签订和约，将防御压力完全甩给西奥多和菲拉雷托斯，后者无力面对突厥人的重压，双双崩溃，而阿莱克修斯在西部的征伐中继续依赖突厥人的军事援助。