跟江户幕府相比，镰仓幕府就是个草台班子，室町幕府则是个随时可能内爆的隐形炸弹。

镰仓幕府在职能机构建设上是比较简单的，只有管战时军令的侍所、管一般政务及财务的政所和管诉讼审判的问住所，后来也不过是多了个专管土地纠纷的引付众，对地方的管理则直接由当地武士首领担任守护或地头，幕府很多时候更像是这些地头蛇们的协调机构。

室町幕府在沿用镰仓时代职能机构的前提下，又因为种种原因不得不实行京都关东双头制，天然的给自己增添不稳定因素，后面关东公方也长期成为叛乱根源。

并且室町幕府为了防止各地守护势力坐大，处于削弱守护对领国控制的考虑，让守护们全都住到京都来，守护们线上办公的结果显而易见，就是各个领国内的守护形同虚设，也确实是造不了反了，但权力都被守护代架空了，代替线上办公的守护治理地方的守护代，势力尾大不掉，最后在应仁之乱中一起把室町幕府给扬了。

相比之下，江户幕府的职能机构建设则相当完备，不仅对京都、大坂等重要城市实现了直接控制，而且职能机构的职责也进一步细分，开始区分负责地方管理的江户、京都、大坂、远国等奉行，负责土建事务的普请和小普请奉行，专管寺社事务的寺社奉行，等等。江户幕府是见识过战国大名对领国支配的集权化的，所以在职能机构建设上已经和镰仓、室町等幕府完全不同，而更加向一个中国式的统治机构发展。