崇祯之所以杀袁崇焕，他自己认为是流言蜚语迫使他杀的。

《国榷》：“八月 癸亥，杀督师太子太保兵部尚书袁崇焕。上御暖阁，先辅臣成基命等入对。久之，出。御平台。文武诸臣俱入，谕曰：袁崇焕付托不效，专事欺隐。市粟谋欵，纵敌不战。散遣援兵，潜携喇嘛僧入城。卿等已知之，今法司罪案云何？诸臣顿首惟命。上曰：依律家属岁十六以上斩，十五以下给功臣家为奴。今特流其妻子、兄弟，余不问。辅臣顿谢。上问：诸臣更何言？辅臣曰：其罪不宥。遂命刑部侍郎涂国鼎监决。因戒群臣洗心涤虑，毋仍前欺罔。”

崇祯下令磔杀，先应该阁臣拟旨。

至是圣谕：“袁崇焕谋叛欺君，结奸蠹国。斩帅以践虏约，市米以资盗粮。既用束酋，阳导入犯。复散援师，明拟长驱。及戎马在郊，顿兵观望。暗藏夷使，坚请入城，意欲何为？致庙社震惊，生灵涂炭。神人共忿，重辟何辞？其家属本当依律正法，姑赦不论。妻子流二千里，安置福建。财产尽没入官。”（《国榷》）

《崇祯长编》：“崇祯三年八月癸亥（十六日）未刻，上御平台。召辅臣并五府六部、都、通、大、翰林院记注官四员、吏科等科、河南等道、掌印官及总恊、锦衣衞堂上官俱入。谕以袁 崇 焕付托不效，专恃欺隐。以市米则资盗，以谋欵则斩帅。纵敌长驱，顿兵不战。援兵四集，尽行遣散。及兵薄城下，又潜携喇麻，坚请入城。种种罪恶。命刑部会官磔示。依律家属十六以上处斩，十五以下给功臣家为奴。今止流其妻妾子女及同产兄弟于二千里外，余俱释不问。”

崇祯后来也知道自己杀错了袁崇焕，杨嗣昌上奏，怕卢象升，必重蹈袁崇焕覆辙之祸，崇祯回旨卿殚忠决策，前后屡疏甚明，朕所深鉴。

另外，崇祯还加一条，如有其人再有害袁崇焕那样，散布流言蜚语，一抓到，就以奸细重究。

《杨文弱先生文集》：“ 无奈人心不同，难端遂作。始而耸动督臣，谓一日不战，流言四起，纵敌养寇，必蹈袁崇焕之祸。臣于遵旨面上疏内直达上闻，以为仰祈天鉴。可释督臣之疑，从此专心办事矣。

崇祯回旨：卿殚忠决策，前后屡疏甚明，朕所深鉴。其控播巧讹，著缉拿，即以奸细重究。该部知道。”