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新疆石器时代遗址丰富。

有：
距今约8000年前的哈密七角井遗址、
距今约8000年前的乌鲁木齐柴窝堡遗址、
距今约8000～4000年前的吐鲁番哈拉和卓墓遗址、
距今约8000～4000年前的吐鲁番交河故城沟西墓地遗址、
距今约8000～4000年前的吐鲁番阿斯塔纳墓地遗址、
距今约8000～4000年前的吉木萨尔遗址、
距今约8000～4000年前的木垒县四道沟遗址、
距今约5000～4000年前的阿勒泰吉木乃县通天洞遗址、
距今约4000年前的伊吾县盐池遗址、
距今约3000年前的和布可赛尔县的骆驼石遗址等等。

这些遗址出土了丰富的石核、边刮器、刮削器、双刃刮削器、石片、石叶、手斧、尖状器、砍砸器、细石器、石锄、石球锯齿型刮削器、石斧、骨簇、三棱形骨簇，展现了8000到3000年前，新疆地区石器时代人群改造自然的技术成果。

其中，吉木乃县通天洞遗址出土石器有典型的欧洲莫斯特文化的石器风格，表明居于欧亚大陆中心地区的新疆，早在5000多年前，就有频繁的人群交流痕迹。这对研究东亚现代人类起源、人群迁徙具有重要的科研意义。

根据出土石器可推测，5000年前左右的新疆人群，居住在洞穴或河谷地区，以狩猎、采集和渔猎为生。