东垣治内伤之正虚为本、邪实为标时，以下合穴与募穴为主。
下合穴为：胃之足三里、大肠之上巨虚、小肠之下巨虚。
募穴，以脾之章门与胃之中脘为主。

足三里作用：
①伸元气（从阴引阳）
“饮食失节，及劳役形质，阴火乘于坤土之中，致谷气、荣气、清气、胃气、元气不得上升，滋于六腑之阳气，是五阳之气先绝于外。下流伏于坤土阴火之中，而后胃气不行，劳役饮食不节继之，则元气乃伤。当从胃合三里穴中推而扬之，以伸元气。故曰从阴引阳。”
主伸展外达通行等的人体之气，由于胃气受伤而不行，因而皆不能正常升布周行，困顿抑遏于人体之属阴之地。取足三里，能起到推动气行的作用，将伏在阴地的阳气从里向外从下向上，推而扬之，使得元气得以伸展周布。
②下气（乱气相逆于胃肠）
“气在于肠胃者，取之足太阴、阳明。不下者，取之三里（章门、中脘、三里）。”
募穴适用于虚实之间相对更偏虚的。胃虚而饮食难运，阻塞三焦之上下通行。实邪闭阻，导致气逆难降，因而出现了各种“不下”。取足三里，助力胃之运化，中下焦得运，闭塞得通，逆气得降。
③泻阴火（从阳引阴）
（黄芪人参汤的加减法）“如汗大泄者，津脱也，急止之......三里、气街，以三棱针出血。若汗不减不止者，于三里穴下三寸上廉穴出血。禁酒、湿面。”
如果说①的“从阴引阳”是要助正气伸展，那么这里③的“从阳引阴”则是要将邪气外泄。放血后，上占阳道络中的阴火得以外泄。气机与郁热，随血出而外达。热泄而气自降，热泄气降则汗自止。阴火势暴的情况下，仅刺足三里若未能取效，还得再加上大肠的下合穴。

募穴作用：
若元气愈不足，治在腹上诸腑之募穴。若传在五脏，为九窍不通，随各窍之病治其各脏之募穴于腹。故曰：五脏不平，乃六腑元气闭塞之所生也。又曰：五脏不和，九窍不通，皆阳气不足，阴气有余，故曰阳不胜其阴。凡治腹之募，皆为元气不足，从阴引阳勿误也。
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偏虚取中脘章门；或偏实而取三里；或三者同用，助力足太阴足阳明，以达到下气的目的。
正虚必然邪实，两者必然共存。“元气愈不足“，会出现“九窍不通”“阴气有余”等实邪闭塞之象。下合穴更偏实更偏“下气”；募穴更偏虚更偏“从阴引阳”。
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错误取穴
1.东垣曰：若六淫客邪及上热下寒，筋骨皮肉血脉之病，错取穴于胃之合，及诸腹之募者必危。---客邪取俞穴、上热下寒及筋脉病放血。
2.凡治腹之募，皆为原气不足，从阴引阳，勿误也。若错补四末之俞，错泻四末之余，错泻者，差尤甚矣。况取穴于天上，天上者，人之背上五脏六腑之俞，岂有生者乎？兴言及此，寒心彻骨。---中虚、阴火、九窍闭塞病取募穴。

令东垣“寒心彻骨”的是，当时诸多偏虚的内伤，医者没能正确取穴。他们不取募穴，而妄取四肢之末，或背上的脏腑俞穴。不仅取错穴，还用泻法，致正气伤残。