重庆境内也有属于清江流域的部分，这里有着重庆最长的地下暗河——龙桥暗河，它穿越了长江、清江流域间的分水岭，从重庆市奉节县龙桥土家族乡一直下穿到湖北省恩施市板桥镇境内。 ​