比起尼安德特人，丹尼索瓦人的名气要小很多，由于出土化石数量较少，对其的研究在近年才取得一些进展。丹尼索瓦人是人属内一支灭绝的分支，与尼安德特人是同一祖先衍生的。2008年在西伯利亚南部阿尔泰山丹尼索瓦洞的古遗址中发现一名5到7岁的幼年女性的一块指骨和一颗牙齿。其指骨中提取的线粒体 DNA (mtDNA)，2010年通过了DNA测序。首次鉴定确认了丹尼索瓦人。2018年甘肃省夏河县白石崖溶洞发现的一块人族下颌骨化石，经鉴定为目前发现的最早的丹尼索瓦人，距今16万年。2024年又发现一块肋骨，延后丹尼索瓦人的灭绝时间到4万年前，现在智人走出非洲之后。非洲以外现代人族群中有广泛存在的0.1-5%的丹尼索瓦人基因。