1940年10月正是抗日战争的关键时期，刘少奇、陈毅等人发动曹甸战役，打击国民政府江苏省主席韩德勤的部队。这次战役的实际执行者是黄克诚和粟裕，由两人配合作战。
刘少奇和陈毅把作战计划告诉黄克诚，黄克诚反对开战并给出了三个理由：第一，政治大环境不合适，眼下正是国共合作抗日阶段，这个时候对国民党军发动进攻不利于抗日大局；第二，我军刚夺得盐城等地，在苏北还没站稳脚跟，当务之急是要发动当地群众，把根据地建设好；第三，国民党军在曹甸驻有重兵，城墙坚固，我军不善攻城战，强攻没把握必胜。黄克诚的建议没被考虑，黄只能服从命令。
1940年11月29日曹甸战役打响，我军的攻势果如黄克诚所料，在敌军的坚城利炮下我军伤亡惨重，黄致电华中总指挥部，希望暂缓进攻。这条建议没被采纳。
这一战新四军歼灭8000多国民党军，自己也付出了较大的伤亡，但未达到预期的战果。战后陈毅严厉批评黄克诚：“战前你不同意打，战中你又对具体打法提出异议，你自始至终就不想打！”。黄克诚说：“要作检讨也该由你们来作，我把部队几乎都用上了，第五纵队的伤亡最大！”
中原局与华中总指挥部对此战进行总结，向中央上报会议决定：撤去黄克诚第五纵队司令员一职，理由是他右倾保守、作战胆怯。
曹甸战役激发了蒋介石对共产党的猜疑和打压决心。这次战役之后国民党军开始策划大规模的反共行动，也直接导致了两个月后皖南事变的爆发。