2025年夏秋航季，中国南方航空计划在疆执行航线97条，日均计划航班超250班次，覆盖70个通航点。
疆内航线方面：①覆盖18个疆内通航点，发挥“高频快线+支线直飞”的协同促进作用，聚焦“南北翼”建设，强化次枢纽地位。②乌鲁木齐至喀什每日7-8班，乌鲁木齐至阿克苏、伊宁、和田每日5-6班，乌鲁木齐至库尔勒、阿勒泰、莎车、库车每日2班。③新开喀什-郑州、伊宁-重庆往返航线，复航喀什至武汉航线加密喀什至广州、上海浦东航线。
国内航线方面：①乌鲁木齐至北京大兴每日8班，乌鲁木齐至广州每日7班，乌鲁木齐至上海航班加密至每日6班。②乌鲁木齐至郑州、长沙、西安、武汉、深圳、成都、重庆、兰州等国内主要省会城市均执行每日4-6班。③新开乌鲁木齐至昆明直飞航线，优化改直乌鲁木齐前往长沙、深圳、上海等地航线。
国际航线方面：①南航在新疆计划运营18条国际/地区航线，涉及14个国家和地区，通航点达16个。平均每周国际/地区往返航班量达124班次，较去年夏航季增长30%。②加密乌鲁木齐-广州-吉隆坡往返航线至每日一班，逐步加密乌鲁木齐至巴库、第比利斯、阿斯塔纳、阿什哈巴德、香港等航线的频次。③复航乌鲁木齐至莫斯科、撒马尔罕航线。
新航站楼：随着乌鲁木齐机场北区航站楼在新航季投入使用，南航可使用的廊桥数量增至23个，预计全年进出港靠桥率提升5%。中转旅客可在同一楼层轻松完成航班中转，人均转机时间预计可缩短10分钟。南航区域可使用的自助值机设备数量达20台，排队等候时间进一步大幅减少。