底层逻辑是指客观事物内在的运行规则，秩序和规律。很显然，大自然界中还有很多很多客观事物的内在运行规则规律是人类并没有探索清楚的（这些客观秩序和规律暂时尚未形成科学的知识和理论体系）。
而科学则是指那些已经被人类社会探明的且已经被检验或验证了的客观事物内在的运行规则秩序和规律形成的知识和理论体系。
而探索科学知识和理论的目的是可以提高生产力和生产效率，被人类社会利用来更好地进行利用自然改造自然的实践活动。
根据集合概念，科学是全包含于底层逻辑之中的，所以底层逻辑凌驾于科学之上。
而底层逻辑换个词语，就是亚里斯多德提出且被马斯克多次强调的第一性原理概念。
以上是我个人对客观事物和底层逻辑的看法和认知，也是我思考分析问题时会不自觉使用的一种思维模式。而这个思维模式又可以换一个词叫逻辑思考。
所以，底层逻辑和逻辑思考是有细微的差别的，而逻辑思考是必须建立在底层逻辑之上的一种思考方法或思维模式。