罗马教廷与中国有很大的分歧，罗马教廷认为全世界的天主教神职人员应该由教皇决定，而中国认为中国的宗教管理应该由中国自己决定。这就导致了中国的天主教徒分为了两派，一派是支持中国管理的教会，一派是忠于罗马教廷的地下教会。
方济各上台后，一改以往罗马教廷的强硬态度，向中国释放善意，但本质上并没有改变罗马教廷的主张。
2018年梵蒂冈与中国签署了一项临时协议，内容并未公布。但从2023年罗马教廷指责中国任命沈斌为上海教区主教来看，应该分歧很大。
2025年4月21日，罗马教廷公布方济各去世消息后，中国官方一直未做态度，直到第二天下午，外交部例行记者会，发言人郭嘉昆才在记者的追问下，表达了对方济各去世的哀悼，并且表示中国政府并没有派代表参加方济各葬礼的打算。