索马里民航局（SCAA）于4月22日通告，索马里政府根据联合国大会第2758号决议，坚持“一个中国”原则，因此通知所有航空公司运营商及利害关系方，自4月30日起，所有由台湾或其附属机构签发的护照及相关旅行证件，不得再用于进出及过境索马里联邦。

台湾外事部门4月29日发声明对索马里政府的这一做法提出所谓的“严正抗议”和“强烈谴责”，并要求索马里政府立刻撤销该项公告。

然而可笑的是，台湾外事部门在声明中提及索马里兰，台湾外事部门称台湾驻索马里兰共和国代表处刻与索马里兰共和国政府共同洽请理念相近国家及国际组织采取具体行动，以撤销此一错误作法。

台湾外事部门在声明中称，“索马里兰共和国自1991年宣布独立以来，已进行4次总统大选，政治情势稳定，民主持续深化，与台湾同为民主自由的理念相近国家。索马利亚政府藉由控制索马利兰领空，阻止民主国家人民相互交往的粗暴行径，已对非洲之角情势造成恶劣影响。”

索马里兰自1991年宣布独立后，始终未获国际社会承认，其地位被普遍视为索马里联邦的一部分。台湾当局基于“拓展国际空间”的政治需求，自2000年代起与索马里兰发展非官方往来。2015年，索马里兰给予台湾民众免签待遇，2020年双方互设“代表处”，台湾方面命名为“台湾驻索马里兰代表处”，索马里兰则在台北设立“索马里兰共和国驻台湾代表处”。这一互动被台湾当局包装为“外交突破”，但本质是两个未被承认政治实体的“相互取暖”。

2024年12月，中国驻索马里大使馆谴责台湾当局“制造‘两个中国’”，并支持索马里政府维护主权完整。

索马里政府明确反对台湾与索马里兰的互动，视其为对国家统一的挑战。2025年3月，索马里外交部重申“一个中国”原则，要求台湾关闭驻索马里兰代表处。

联合国及非盟等国际组织未承认索马里兰，多数国家对台湾与索马里兰的关系持谨慎态度。例如，美国虽与索马里兰有安全合作，但拒绝承认其独立地位，也不支持台湾的“台独”行径。