从学理上来讲，两者并不矛盾
——1920年代的“打破民族出于一元的观念”是理论前提，1930年代的“中华民族是一个”是逻辑延伸。

前者顾颉刚说“打破民族出于一元的观念”，针对的是传世文献当中上古帝系一脉相承的成见，他强调的是中华民族多中心起源论。
可以说，顾颉刚上述观点代表了民国古史研究的主要努力方向之一，
不管疑古派还是释古派，都主张打破旧说帝系一脉相承之谬。

譬如王国维《殷周制度论》：
“以地理言之，则虞、夏、商皆居东土，周独起于西方，故夏、商二代文化略同。”

又如蒙文通《古史甄微》讲上古中华文明分为海岱、河洛、江汉三个民族系统，其师廖平便指出该书的意义：
“详考论之，可破旧说一系相承之谬，以见华夏立国开化之远，迥非东西各民族所能及。”

其他如傅斯年《夷夏东西说》、徐旭生《中国古史的传说时代》、杨宽《中国上古史导论》等著作，虽然立场各异、观点不同，但都意在打破“旧说一系相承之谬”，主张中华民族多中心起源，主张中华文明为不同地域文化融合而来。
应当说，顾颉刚1920年代提出“打破民族出于一元的观念”，代表了彼时新派学者的共识，这也是民国古史研究不同于传统经学研究的重要表现之一。

正是在上述研究的基础之上，后来苏秉琦才能发展出著名的“满天星斗”说，即古中华文明“从星星之火成为燎原之势，从涓涓细流汇成长江大河”。

应当强调，1939年2月，顾颉刚发表文章“中华民族是一个”，其学理前提恰恰是1920年代“打破民族出于一元的观念”。
正是因为多中心起源、多地域融合，所以中华民族从来都是一个开放的系统，不存在绝对的汉满回蒙藏界别，
——日寇及其走狗学者鼓吹种族血统的天然界别，妄图将满蒙分裂出中国，在学理上是站不住脚的。

以上是我的一点浅见，请@考古學人 考老师指正。