徐州失陷后，决堤之议更是纷纭四起，有人主张决河南铜瓦厢堤岸，有人建议由黄河南堤黑岗口等处决口，虽然决口地点所见不一，但战术用心却不谋而合。因此，在6月初国民党于武汉召开的一次最高军事会议上，经过长期思虑而又仓促应战的 蒋介石最后批准了这所谓“以水代兵 ”的秘密方案。

据有关记载，此次决堤工程是由 蒋介石指定的第十二集团军总司令商震负责督工实施的。6月4日，该部第53军一个团即“奉委座电令在中牟县境赵口掘堤，并限4日夜12时放水”，但由于挖口过窄，待掘至水面，宽不过一米，难以为继，因而直至次日上午尚未完成。
蒋介石当即在电话中命令商震“严厉督促进行”，商震续派工兵营营长蒋桂楷携带大量黄色炸药与地雷，准备炸破河堤，又派39军的一个团予以协助，同时悬赏法币千元，以图加快速度。当夜，工兵营炸开了堤内斜面石基，但因黄河“春冬水落”，水发量小，“仅流丈余，即因决口两岸内斜面过于急峻，遂致倾颓，水道阻塞不通。”

于是商震又令第39军刘和鼎部在第一道决口以东30米处另派一团士兵开第二道决口，同时采纳当时担任黄河铁桥守备的新八师师长蒋在珍的建议，在郑县花园口另作第三道决口。
....刘和鼎随即派员勘察地形并着手施工。但赵口一带土质多沙，挖出的坑道，或被大风刮起的沙土填平，或被河水冲塌的堤土堵塞断流，虽然一再返工，仍不能依限完成。
而这时日军已逼近中牟白沙镇， 蒋介石“异常焦灼，日必三四次询问决口情况”。他还用电话指责刘和鼎说：“这次决口有关国家民族的命运，没有小的牺牲，哪有大的成就，在紧要关头，切戒妇人之仁，必须打破一切顾虑，坚决干去，克竟全功。”

不过，此前已由新八师两个团和一个工兵连代替第109师万福麟部担任的花园口决堤任务，进展较快。
先是在掘堤之前，蒋在珍谎称日军即将到来，把花园口一带的群众赶到十里以外，封锁消息；又密布岗哨，选出身强力壮的八百多名士兵，分五个小队，轮流掘堤，夜间则用汽车上的电灯照明，通宵工作。他们吸取赵口决口塌方的教训，将决口加宽至五十米，斜面徐缓。至9日晨6时，用炸药炸毁了堤内斜面石基，9时放水，“初水势不大，约一小时后，因水冲刷，决口扩至十余米，水势遂益猛烈”。
但当局还唯恐决口太小，又急电薛岳，调来两门平射炮和一排炮兵，向已挖薄的堤岸大连发射六七十发炮弹，将缺口又炸宽了两丈，“水势骤猛，似万马奔腾”，加上当时大雨如注，决口愈冲愈大，到6月末已达一百五十米，7月2日再增为二百十七米，7月30日竟宽达三百二十三米。
而这时的赵口决口也被河水冲刷开来，“至6月11日大雨，水流激增，势甚汹涌，水头高达丈余，决口扩至60余米，12日水流甚急，15日决口大至120米”，至7月19日，又扩大到三百米。

决口之水由三刘寨直向南流，在中牟同花园口水流相汇合，沿贾鲁河、颍河、涡河之间的低洼地势向东南奔腾急泻，横冲直撞，水面宽度也由最初的几里、十几里迅速扩展至一百多里，泻入正阳关至淮远一段的淮河干流，进而横溢两岸各地，并经洪泽、宝应、高邮诸湖，由长江入海，从而形成本世纪以来最重大的一次黄患。

也就是在6月9日花园口大堤炸决之时，国民政府即命令在汉口的中央党部及各机关转移到重庆及昆明等地。同时由 蒋介石发表声明，对抗战以来所谓“以空间换时间”的最高军事战略作一阶段性的总结，声称“已往作战的经过，更足证明在阵地战上我军力量之坚强”，“现在战局关键，不在一城一地之能否据守”，而在于“避开敌人的企图，同时逼迫敌人入于我方自动选择之决战地域，予以打击。长期抗战，此为最大要着”。
蒋介石的声明，无异于向国人发出了弃守武汉的宣言书。如果把它和恰在这一天从花园口穿堤而出的洪水联系起来，人们不难看出， 蒋介石之所以迫不及待地要炸堤决河，造成大面积的黄泛区域，与其说是保卫武汉，不如说是为其退守西南争取时间。

当然，如前所述，面对日军的强大攻势，国民政府也不是没有组织军队去进行抵抗，在兰封会战中甚至投入了数倍于敌人的优势兵力，并曾一度将西进日军主力土肥原师团围困在内黄、仪封和民权之间的狭小区域，但由于国民党军事指挥部门的腐败无能，使得这种抵抗乃至攻势终至于冰消瓦解。
早在1936年，国民政府军事委员会便把河南作为国防重点，并以归、兰、郑、汴为中心，修筑了钢筋混凝土的国防工事。但在兰封会战急如星火之际，军委会还没有把有关工事图送到作战部队手中，以致部队无法确定国防工事的位置以顺利进入阵地,从开始即陷入被动。而这些没有发挥作用的国防工事，后来却变成了日军负隅顽抗的依托，反过来给中国军队以重大杀伤。
而在整个会战过程中，国民党的许多军官，尤其是高级将领畏敌不前或临阵脱逃的情况层出不穷，更是直接削弱了中国军队的战斗力。连 蒋介石也不得不承认，“此次鲁西之敌以极劣势兵力，到处窜扰，毫无忌惮，而我军以极有利态势....犹未将兰封及其以西地区之敌彻底解决”，反而一败涂地，正是由于“各该军长等指挥无方，行动复懦，以致士气不振，畏缩不前”，“在战史上亦为一千古笑柄”。
更何况在这场抵御日本侵略者的民族战争中，国民政府仅仅依靠正规部队的防御作战，从不发动或利用民众力量同仇敌忾，共御强敌，以致一旦战场形势急转直下，就只有依靠黄河，以水代兵了。正如一位论者所指出的，“国民政府如果能发动民众开展抗日武装斗争，其牵制力量必定会比消极的以水代兵大得多”。

应该说， 蒋介石和国民党政府对于扒决黄河大堤将要产生的严重后果是非常清楚的。早在掘堤之前，国民党中央通讯社就曾连续发表日军飞机轰炸河堤的电讯。掘堤完成后， 蒋介石又于6月11日密电第一战区司令长官“须向民众宣传敌机炸毁黄河堤，”以欺骗社会舆论。国民党中央社随即从郑州发出专电，声称：“敌军于九日猛攻中牟附近我军阵地时，因我左翼依据黄河坚决抵抗，遂不断以飞机大炮猛烈轰炸，将该处黄河堤炸毁一段，致成溃口，水势泛滥，甚形严重”。次日又发出所谓郑州专电云：“敌机三十余架，十二日晨复飞南岸赵口一带，大肆轰炸，共投弹百枚，炸毁村庄数座，死伤难民无数，更在黄河决口处扩大轰炸，致水势愈猛，无法挽救。"
6月30日，国民党军委会政治部长陈诚在汉口举行的记者招待会上重复了这一套虚假的宣传。同一天， 蒋介石在接见《伦敦每日快讯》记者时发表的谈话，一面曲意掩盖事实，一面又不无得意地宣称：“豫省水灾....日人亦承认其作战计划，受水灾影响，日军在水灾区所受之损失必大，中国方面，不甚受水灾影响。” 蒋介石心目中的“中国方面”，自然是指他统率的军队，而不是被大水吞没的民众。
为了对付外国记者的采访，国民政府特令新八师在花园口附近，伪造了一个轰炸现场，还煞有介事地调集大批士兵、民工“抢堵缺口”，试图混淆视听。

此后，国民党的宣传基调一直未变。不过，到1983年9月9日，当历史的真相早已经大白于天下的时候，何应钦将军在台湾重版他的旧作《日军侵华八年抗战史》时，仍然口风不变，重复几十年前中央社的滥言，就未免显得过于滑稽了。
抗战后期乃至结束之后，国民政府的一些高级官员和学者在其谈话或著述中也隐约承认决口的真相，只不过每每以“害在地方，功在国家”一类的言词聊以自慰罢了。

——李文海，《中国近代十大灾荒》