1997年，中央下发通知（中发〔1997〕17号），决定在兵团农三师小海子垦区建立图木休克市，根据地名从雅的惯例，兵团办公厅建议改为图木舒克市。2002年9月17日，国函〔2002〕82号同意设立自治区直辖县级图木舒克市，市人民政府驻齐干却勒。2012年12月，新疆生产建设兵团农业建设第三师更名为新疆生产建设兵团第三师。2014年11月8日，图木舒克市草湖镇挂牌仪式在四十一团团部举行。草湖镇位于喀什地区疏勒县境内，直线距离图木舒克市约270公里。
兵地融合发展草湖项目区，下辖：41团（草湖镇）、42团（龙口镇）（属图木舒克市，位于喀什地区岳普湖县境内）、东风农场（属图木舒克市，位于喀什地区英吉沙县境内）、托云牧场（属图木舒克市，位于克孜勒苏柯尔克孜自治州乌恰县境内）、红旗农场（属图木舒克市，位于克孜勒苏柯尔克孜自治州阿图什市境内）、伽师总场（嘉和镇）（属图木舒克市，位于喀什地区伽师县境内）、布拉克苏乡（属喀什地区疏附县）、巴合齐乡（属喀什地区疏勒县）、皮拉勒乡（属克孜勒苏柯尔克孜自治州阿克陶县）。