临床每用黄连为主，治疗肝火亢盛的目赤、眵多、视物昏花、迎风流泪等，也用5%的黄连水煎液（黄连5g，煎水100mL）洗目，治疗暴发火眼（急性结膜炎等），疗效显著。对于湿热蕴结大肠的泄泻、痢疾，黄连也不失为良药。治疗泄泻（急性肠炎等），黄连配黄芩、甘草、葛根、椿根白皮、车前子、炒白术、乌梅等；治疗热毒血痢（细菌性痢疾等），黄连配白头翁、黄柏、秦皮、马齿苋、木香、白芍、当归等。

此外，黄连擅治热毒疮疡。诸痛痒疮，皆属于心。黄连苦寒清热解毒，张元素谓此乃“诸疮必用”之药。我临床用黄连适量，煎水外洗，一日1～2次，每次20～30分钟，治疗甲沟炎有良效。可供参考。