轰轰烈烈的太平天国运动，本是一场反帝反封建的农民运动，却因为洪秀全采用错误的拜上帝教为指导思想，指导组织构建与政权建设等方方方面，妄图打造一个政教合一的政权，使原本反动反封建性质的农民运动彻底沦为了一场邪教叛乱，这让太平天国从根本上就出现了巨大的差错，成为导致太平天国失败的根本原因。

洪秀全以自创的拜上帝教为基础，在冯云山和杨秀清等人的配合下，发动了太平天国运动。这就使他在太平天国内部的身份定位成为“宗教导师”而非“革命领袖”，而他希望以此为蓝图构建心目中的宗教理想国，因此，他领导的太平天国推行了一系列政策：

宗教上焚毁庙宇。拜上帝教疏于一神教范畴，一神教排斥其他宗教的神佛，这就导致了以拜上帝教为指导的太平军遇庙必焚毁，早在起事之处就砸毁甘王庙，所过之处各种庙宇一律予以彻底破坏，以加强一神教的意识形态控制。

文化上批儒反儒。太平军所过之处不仅砸毁孔庙，还大肆焚书，烧毁儒家文化典籍和诸子百家文化典籍，只发行拜上帝教官方文献作为科举内容。这一极端举动将太平天国变成一神教主导下的太平基督世界，一下令许多本来对太平天国“反清”旗号有好感的读书人纷纷站到了自己的对立面，成为坚定的反对者。曾国藩就是利用太平天国这一缺点发布《讨粤匪檄》，号召天下儒生起来反对，这一号召颇为有效，一时间罗泽南师徒和彭玉麟等民间儒生纷纷加入湘军阵营，成为剿灭太平天国的骨干力量。

民生上消灭家庭。实行男女分别集中的营馆分局制，强制民众过集体生活。分别设立男馆和女馆，让城市居民分别搬进去过集体生活，饮食住行统一管理，并过宗教生活强制参加礼拜听讲经文。把只适应军队的生活模式直接强制到民众头上，导致家庭被强行拆散夫妻分居骨肉分离，制造了无数人间悲剧，许多人出于恐惧而直接全家自杀。

经济上财产归主。洪秀全的宗教理想是“天下人人不受私，物物归上主”，说白了就是全天下的财务都应该归他所有，人民只是受神的恩典施舍的使用者，在民生层面也推行“圣库”制度，由天王来统一占有和分配包括土地、房屋、金银和粮食，导致商业凋敝民生困苦。

对于洪秀全的这一套宗教建国路线，太平天国内部不是没有反对的声音。杨秀清李秀成就是最大的反对者，他们主张推行儒家化和中国化的政策，@李晓鹏博士 在《满清六十年的革命与改良》一书中称之为人民革命路线。杨秀清坚决反对洪秀全砸毁孔庙焚毁典籍的行为，大力保护孔庙。太平军攻克武昌后，杨秀清率先率领将士进入孔庙，按照中国传统礼仪向孔子行了三跪九叩的大礼。还把自己的东王衣冠放在孔子像前，还亲笔题写了“天朝圣宫”四个大字挂在大门口，有了东王衣冠的保护，武昌的府学和孔子像就没有遭到破坏。

不仅反对破坏孔子像，杨秀清还坚决反对焚毁儒家典籍和诸子百家典籍，甚至还在给洪秀全的奏折中提出“千古流传之书，不可毁弃”的观点，主张经史子集不仅不该废除，还应该作为科举教材以培养人心。在遭到洪秀全拒绝后，杨秀清出离愤怒，不得不再次祭出“天父附体”的大旗，以天父的口吻传旨，要求洪秀全废除反儒反孔的错误思想，表现出一个出身普通的基层民众对于中华文明的传承与弘扬态度。

与此同时，杨秀清还在1854年7月4日再次上演“天父下凡”的好戏，下令禁止基督教《圣经》的出版。这在太平天国内部无疑是一个十分大胆的举动，毕竟拜上帝教就是由洪秀全以《圣经》为蓝本创立的。而杨秀清此举的目的，则是对曾国藩《讨粤匪檄》的回应，打舆论战争取天下人心。

由此可见，杨秀清作为太平天国内部儒家化中国化的代表，走人民革命路线，与走宗教建国路线的洪秀全之间，更多的是路线之争。他的这一套无疑是适合中国国情的，再加上他再军事上的天赋，导致前期太平天国在他的指挥下节节胜利。可惜受到洪秀全的猜忌，沦为政治斗争的牺牲品。若杨秀清的路线得以推行，那么太平天国的胜算无疑会大大提升。但却很难赢得最后的胜利，更无法收复新疆。