洪门起源传说众多，尚无定论，以下是几种主要说法：

1. 郑成功创立说：
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明朝灭亡后，郑成功以台湾为据点创立“汉留”组织，定名为“金台山明远堂”，旨在反清复明。
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郑成功派遣部下到福建莆田九莲山少林寺发展反清组织，后因叛徒泄露机密，少林寺被朝廷攻打，仅有蔡德忠等五人逃脱，成为“洪门前五祖”。
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五人在高溪庙前结义，创设洪门。
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2. 少林永化堂起源说：
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清朝时期，少林永化堂弟子因反对“剃发令”和“易服令”，以“驱除胡虏，恢复中华”为志，以小洪拳为名，秘密成立洪门。
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此说法认为“天下洪门出少林，洪门根在永化堂”。
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3. 陈近南发展说：
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陈近南被尊为洪门创始人，他大力发展“汉留”组织，使其转化为洪门。
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汉留由抗清义士殷洪盛起始，后流传至郑成功所部，旨在反抗满清统治，留存汉族文化。
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4. 洪二和尚创立说：
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乾隆年间，福建漳浦的洪二和尚（俗名郑开，又名涂喜）在云霄高溪创立天地会，组织百姓互相帮助并反清。
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天地会后演变为洪门，“洪”字因洪二和尚得名。

由于年代久远，故事多由后人口口相传，掺杂诸多穿凿附会元素，因此很难有一个完整且被官方认定的说法。