作为一代枭雄，李自成在政治上是非常低能的，所以，他的政治失误不仅导致自己兵败身亡，而且还害苦了大顺军余部的将士们。
由于领袖李自成自身的政治才干先天不足，因此，他手下的将领李过、高一功等人也毫无政治头脑。
在李自成被乡民用锄头打死之后，大顺军余部犹如一盘散沙，毫无作为；当时，大顺军东、西两路大军，尚有几十万人马，徘徊于湖北荆州一带。而湖南、湖北地区南明和清朝都不过数千兵力，根本不足以抵挡大顺军的进攻。
大顺军的将领们却没有孙可望、李定国那样的魄力，不敢占据湖广，建立一块根据地，来解决军队的粮饷问题。他们的做法是时而降清，时而投明，完全没有一点儿策略。
降清了，他们不想剃发易服，就投靠南明大臣何腾蛟；何腾蛟对他们很仇视，不给他们提供粮饷，还施展阴谋去分化瓦解他们；后来还在与清军的战斗中屡次坑害他们；最后何腾蛟利用督师的身份，下令把他们调往广西去了。
在广西，南明重臣瞿式耜对大顺军余部也是百般刁难歧视，使他们陷入缺粮断饷的境地。
而大顺军的将领李过、高一功等人也完全丧失了农民军的血性，面对南明官僚的侮辱歧视，他们唯唯诺诺，丝毫也不敢稍作反抗。这一点，与孙可望比起来，简直就是天壤之别。
大顺军余部的将领们都是毫无见识的政治低能儿。他们已经被南明官僚欺负成这样了，竟然还甘心被南明官僚利用来当枪使。
郝摇旗被何腾蛟利用，他受何腾蛟指使，率兵从背后偷袭友军陈友龙。当时，陈友龙率部打击湖南清军，所向披靡，湖南抗清形势一片大好；不料想，郝摇旗所部大顺军突然在陈友龙背后猛插了致命一刀，陈友龙只得率残部撤走。
而郝摇旗为了讨好何腾蛟，竟然一路追击，直到彻底消灭了这支抗清力量，杀死了陈友龙之后，郝摇旗才心满意足了。但是，湖南抗清的大好形势就此被破坏掉了。
郝摇旗偷袭陈友龙的事，使得南明永历朝廷大为震惊，各派势力都对郝摇旗痛加指责。而郝摇旗百般讨好的督师何腾蛟此时也被清军杀死了，他失去了靠山，在南明朝廷中已经没有立足之地了，只得跑到夔东地区，去找昔日的老战友去了。
而高一功等人也高明不到哪里去；南明永历朝廷一直把李过、高一功率领的“忠贞营”视为异己，可到了大西军首领孙可望联明抗清，提出要求让永历朝廷册封自己为秦王的时候，南明官僚们却把“忠贞营”推到前台，把大顺军余部当作抗衡孙可望的枪来使用了。
而高一功等人竟然真的充当了反对孙可望封王的急先锋，他们痛斥孙可望派来的使者，还狂妄自大地骂道，我们才获封了公爵，孙可望怎能配封王呢！咱们两家兵将都知根知底，不行，就打一仗，见个分晓。
但是，大势所趋，高一功他们既打不过前来进攻广西的孔有德所部清军，又不愿跟随永历朝廷前往云南去投靠孙可望，最后，只好也撤往夔东地区，去找躲避在那里的大顺军旧部了。
后来，在刘文秀两次进兵四川的过程中，虽然刘文秀、冯双礼、白文选等大西军将领不计前嫌，一再邀约大顺军余部出来助战，但是这帮人却始终不愿出兵帮助以大西军为主的南明军队收复四川全境。
直到永历朝廷覆亡之际，以大顺军余部为首的“夔东十三家”才接受永历朝廷的请求，发兵攻打重庆，以牵制清军的行动，不过很快就被清军击败了。
大顺军余部在整个抗清斗争中，最光彩的一页，就是在中国大陆上坚持到了最后。1664年，李来亨誓死不降，在茅麓山进行了英勇不屈的战斗，最后自杀殉国了。
纵观大顺军余部在抗清斗争中的表现，间接证明了：以李自成集团的才能，是根本不足以坐天下的。