经过认真研究，军委1948年11月1日发布了《关于统一全军组织及部队番号的规定》​。在贾汪会议上粟裕传达中央关于编制的规定说：​“中央要求首先在全国范围内统一编制，统一番号。野战军各纵队一律改为军，军下为师，三三制，一直到团，团以上全国统一番号。​”华东野战军改称第三野战军，编成四个兵团。
粟裕说：​“中央军委决定，三万人左右一个军（炮兵团除外）​，但目前全国统一困难，暂时可以按一个野战军为单位统一编制。我们每个军编九个步兵团，另一个炮兵团，共35 000人左右。除编制、番号统一外，内务、装备、纪律等都要统一，一切按制度、条例行事。以后到差要报到，调动工作要办交代，对部队人员、马匹、武器都要弄清楚，多了要交，缺的要发，按一定手续来处理，一切要求高度的集中，提高正规化程度。​”

第三野战军司令员兼政委：陈毅
副司令员兼第二副政委：粟裕
第一副政委：谭震林
参谋长：张震
政治部主任：唐亮

第三野战军下辖4个兵团、16个军，两个纵队，共581 000余人。
第7兵团：司令员王建安，政委谭启龙。
辖第21、22、23、35军。
21军（原第二纵队）​：军长滕海清，政委康志强。
22军（原第三纵队）​：军长孙继先，政委丁秋生。
23军（原第四纵队）​：军长陶勇，政委卢胜。
35军（原鲁中南纵队与吴化文起义部队合编）​：军长吴化文，政委何克希。
第8兵团：司令员陈士榘，政委袁仲贤。
辖第24、25、26、34军。
24军（原第六纵队）​：军长王必成，政委廖海光。
25军（原第七纵队）​：军长成钧，政委黄火星。
26军（原第八纵队）​：军长张仁初，政委王一平。
34军（原江淮军区部队与何基沣起义部队合编）​：军长何基沣，政委赵启民。
第9兵团：司令员宋时轮，政委郭化若。
辖第20、27、30、33军。
20军（原第一纵队）​：军长刘飞，政委陈时夫。
27军（原第九纵队）​：军长聂凤智，政委刘浩天。
30军（原第十二纵队）​：军长谢振华，政委李干辉。
33军（原渤海纵队与张克侠起义部队合编）​：军长张克侠，政委韩念龙。
第10兵团：司令员叶飞，政委韦国清。
辖第28、29、31、32军和两广纵队。
28军（原第十纵队）​：军长朱绍清，政委陈美藻。
29军（原第十一纵队）​：军长胡炳云，政委张藩。
31军（原第十三纵队）​：军长周志坚，政委陈华堂。
32军（原胶东纵队）​：军长谭希林，政委彭林（1949年2月15日改编，两广纵队调出后归10兵团建制）​。
两广纵队：司令员曾生，政委雷经天（1949年3月调归第四野战军建制）​。
特种兵纵队司令员陈锐霆，政委张凯。
后勤司令员兼政委刘瑞龙。

三野整编过程基本上是顺利的，但也有不少风波，尤其是35军的组建。吴化文部队济南起义后，为了体现政策，基本保持了原部队建制，主官也没动。淮海战役初期一直在后方整训。第三阶段粟裕命令吴化文部南下参战，在宿县集结作预备队，实际上没有参加战斗。淮海战役结束后到曹八集休整，正逢全军整编。上级把鲁中南纵队与吴化文部合编。吴部缩编为三个团，35军每个师里有吴部一个团，鲁中南纵队两个团。但军长仍然让吴化文当。鲁中南纵队在解放战争初期与吴部是死对头，听说与吴部合编，鲁纵指战员表示强烈反对。说这是“包办婚姻”​、​“强迫婚姻”​。陈毅出面做工作，在贾汪会议总结时说：​“华野编16个军，4个兵团。鲁中、渤海、江淮三个纵队不编，充实三个起义部队。这样合编对起义部队的进步是有帮助的，向他们说清楚我们没有把他们当杂牌看待，也没有当客人看待，而当自家人一样。​”鲁纵的人还是不服，后来召开全军干部大会，吴化文痛哭流涕检讨自己历史上的罪恶，矛盾才慢慢缓和下来，完成了整编任务。
老纵队改编主要是编制和人事安排的问题。有的纵队在淮海战役中缴获很多，兵强马壮，舍不得把多余的人、枪补充给其他部队。有的对干部任命不满，闹情绪，发牢骚。这时又要陈毅来做工作。陈毅在贾汪会议总结中严厉批评了这些本位主义、个人主义倾向。他谈到干部任命时说：​“第一要反对攀比，不要比党票，不要比军龄、党龄，不要比本事。第二不要提不信任案，不要认为党不信任你，认为你受了委屈。第三不要抱小资产阶级立场，怀疑什么个人作用。第四，干部的安排可能是有缺点的，不会百分之百是完满的；但这个名单是正确的，经过反复研究的，是比较妥当，很谨慎的。希望同志们拥护，不准说长道短。​”
谈到部队编制，陈毅说：​“编制表主要是为了限制人员装备，比较充裕的纵队不能超过。凡是人数超过的纵队，一定要老老实实拿出来补充不足的纵队，不得打埋伏。但是不能拿编制标作为武器向前委要，也不能因为一时没法补充就认为编制表是不必要的。编制表是为了不使部队穷富两极分化，所以我们要反对本位主义和平均主义。我们前委一致同意拨两万俘虏给中野，充实中野，以便在一起并肩作战。两广纵队名义仍然保持到两广，有号召作用。可以归兵团指挥，也可以直接指挥。可以补充一个师打回两广去。​”​“在编制上不准同志们去比，几十万军队是不能去比的。为了满足这一方面，一定要牺牲另一方面。五个指头不能一般齐，有长有短好做事。有马的就骑，没马的就走路，不能大小事都说理由。​”陈老总的话说到这个份上，谁也不能不听。制度一旦定下来，以后的事情就好办了。到1949年3月底，三野整编工作基本完成。与此同时，华东军区也对下属军区和部队作了相应的调整，包括重建山东军区，军区部队统一编为警备部队，配备充实了各军区的领导干部。
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