临床应用薯蓣丸有如下几点经验：

其一，用于心脏病，比如，心肌缺血、心律不齐、房室传导阻滞、心肌炎等，只要出现了心悸、倦怠、乏力、精神不足等症状，即可应用薯蓣丸。此方中内含灸甘草汤，这也是薯蓣丸能治虚损性心脏病的原因所在；

其二，用于血液病，特别是崩漏、内脏出血、血癌（即白血病）等。血失过多，会消耗阳气，最终造成阴阳气血诸不足，其脉多见虚弱，或软或细或濡。此时即可用薯蓣丸来补益阴阳气血；

其三，用于呼吸系统疾病，如慢性支气管炎、慢性阻塞性肺疾病等后期。由于疾病持久不愈，病人正气极弱，导致各种虚损症状，比如，咳嗽、气喘，兼有乏力、语声低微等，只要符合薯蓣丸的辨治要点，即可应用；
其四，用于肾病，比如慢性肾炎、肾病综合征等，病人往往会出现小便不利、精神萎靡、四肢倦怠、脉虚弱等征象，只要以正虚为主，即可应用薯蓣丸；

其五，消化系统疾病，比如慢性胃炎、慢性胃或十二指肠溃疡、慢性肝炎、慢性胰腺炎等，在后期常会出现脘腹疼痛或不适，但喜暖喜按，脉虚弱，即可应用；

其六，内分泌系统疾病，如消瘦、甲减、糖尿病、糖尿病肾病、甲亢等，病人常会出现低热、倦怠乏力、精神疲惫等不适，其脉虚弱，即属于薯蓣丸的适应证；

其七，免疫系统疾病，如红斑狼疮、桥本、干燥综合征、雷诺氏病等，只要符合虚损的病机，即要用到薯蓣丸；

其八，老年人有基础病者，往往有应用薯蓣丸的机会。一方面老年人存在着阴阳气血诸不足的病机；另一方面因为罹患了某种慢性疾病，更会消耗正气，导致正气更虚，更容易出现“虚劳”或“诸不足”的病机。

清代大医魏荔彤说：“虚劳者，因劳而虚，因虚而病也。”所谓虚者，即病久体弱之谓；所谓劳者，即虚损日久之谓。虚劳即是一种正气不足的状态。“虚则补之”，用薯蓣丸。

薯蓣丸的药力非常平和，适合于几乎所有人群。有人问：例假期间/哺乳期可以服用吗？老年人可以服用吗？有基础病者可以服用吗？我的观点是，都可以服用。

后世医家也都颇为重视薯蓣丸，且在临床实践中不断探索薯蓣丸的应用范围。以下列举几位医家对于薯蓣丸的论述，有助于我们更深刻地理解此方，并可更好地应用此方。