吐峪沟石窟（国六），古书记载称“丁谷寺”， 雅尔湖石窟（国五并入），古书记载为“西谷寺”，都是吐鲁番的重要石窟群，本地石窟专属的“誓愿图”还在延续，两个石窟现在都套在景区内开放参观，参观环境优美，设施良好，可见吐鲁番文旅下了功夫。
（豆包介绍）吐峪沟其开凿年代是吐鲁番最早的，为两晋、前凉，延至唐代，后因高昌王国在木头沟内新辟柏孜克里克石窟，其重要地位逐渐被取代。
现存洞窟157座、地面寺院3座、佛塔9座。考古发掘出土了很多文书残片，包括汉文、回鹘文、粟特文等多种文字，既有佛经写本，也有世俗文书等，洞窟形式丰富多样，有中心柱窟、纵券顶窟和穹顶窟等，第33窟的形制就类似于公元2世纪犍陀罗窣堵波佛塔形制。
壁画题材有禅观图、千佛、本生故事等。44号佛窟是保存最好的洞窟之一，是北凉王沮渠安周所建，题材、画风与敦煌莫高窟北凉时期的275窟相同。
雅尔湖石窟，与交河故城历史相关，始建于十六国北凉时期，沿用至高昌回鹘时期。现存洞窟22个，分为上下两层，上层为僧人禅修场所，下层可能为僧房或生活区域。洞窟左右并列，窟前原有木构建筑，窟型均为长方形、纵券顶，有的窟内附有禅室。
外开放的4号窟和7号窟壁画保存相对较好，4号窟有龙王听法图等，7号窟四壁绘千佛，窟顶绘有净土宝池等图案。 这里山体是土壤结构，实际的石窟是土窟，就是窑洞而已。