组织器官的形成与变异自然选择学说没有办法进行解释。生物进化过程虽然复杂多样，但都遵循生物进化的规律。各组织器官的形成与功能增强与减弱，这些也都是通过生物的努力来实现的的，不可能随机生成。按照自然选择学说的观点，是由随机基因突变随机生成的，那蜘蛛就不一定是八条腿，昆虫也不一定是六条腿，陆地上脊椎动物也不一定只有四肢。五花八门什么样子的可能都有，只要是能够适应环境就行了；这是根本不可能的，这与生物进化的实际不相一致。生物进化不可能按照随机基因突变随机拼凑出各组织器官，那样会进化出各种怪物。实际上并不是这样，自然选择学说无法给予科学的回答；不仅如此，按照自然选择学说的观点，生物就根本进化不出来组织器官，更别说进化出高等级的生物了。
实际上生物的进化遵循的是生物进化的规律，组织器官的形成与功能增强也遵循的是生物进化的规律，是由生物的努力来形成。依据生物进化总的方向，生物是由简单到复杂由低级到高级向前进化；生物只有具有较复杂的结构，才能实现较高级的功能。所以，原始生命体要先进化为细胞才能更好地适应环境。然后通过努力形成多细胞生物，团结就是力量啊，多细胞生物更容易适应环境。然后还是需要生物通过努力，再由功能细胞形成相应的组织，再由相应组织形成相应的器官。组织器官变异的定向积累，就会增强其相应的功能。这种进化过程的实现遵循的是生物进化的规律，绝对不可能随机发生变化。
随机基因突变引起的只能是随机发生变化，并不能形成定向的积累。这种随机发生的基因突变既不可能是生物进化需要的，也不可能对生物有利；进化需要的是能够定向积累，对生物有利是有益于生物生存。事实上，人们能观察到的绝大部分是对生物有害，有力的基因突变少之又少，这与自然选择的解释不相符合。由此可知，生物努力形成的遗传信息变异，不但能够形成定向积累，而且与生物适应生存环境密切相关；而随机基因突变造成的遗传信息变异，不但不能形成定向积累，而且也与生物适应环境没有关系。二者引起的遗传信息变异的过程与结果都不相同，也就是说根本不是一回事，也就不能进行互相解释。所以，自然选择学说没有办法解释生物进化组织器官形成的机制。